Sharif Digital Repository / Sharif University of Technology
    • [Zoom In]
    • [Zoom Out]
  • Page 
     of  0
  • [Previous Page]
  • [Next Page]
  • [Fullscreen view]
  • [Close]
 

Molecular Dynamics Simulation of Actin: An Investigation into the Mechanical Properties  

, M.Sc. Thesis Sharif University of Technology Mehrafrooz, Behzad (Author) ; Shamloo, Amir (Supervisor) ; Firoozbakhsh, Keikhosrow (Supervisor)
Abstract
Actin is the most abundant protein in most eukaryotic cells. It is highly conserved and participates in more protein-protein interactions than any known protein. Actin plays a crucial role in cell motility, adhesion, morphology and intracellular transport. Its biologically active form is the filament (F-actin), which is assembled from monomeric G-actin. In this thesis, the mechanical properties and characteristics of both G- and F-actin are studied using molecular dynamics simulations. In general, this thesis can be categorized into two individual parts: First, steered molecular dynamics simulation was performed to assess tension of monomeric G-actin molecule, and stress-strain curves were... 

Cataloging brief

Molecular Dynamics Simulation of Actin: An Investigation into the Mechanical Properties  

, M.Sc. Thesis Sharif University of Technology Mehrafrooz, Behzad (Author) ; Shamloo, Amir (Supervisor) ; Firoozbakhsh, Keikhosrow (Supervisor)
Abstract
Actin is the most abundant protein in most eukaryotic cells. It is highly conserved and participates in more protein-protein interactions than any known protein. Actin plays a crucial role in cell motility, adhesion, morphology and intracellular transport. Its biologically active form is the filament (F-actin), which is assembled from monomeric G-actin. In this thesis, the mechanical properties and characteristics of both G- and F-actin are studied using molecular dynamics simulations. In general, this thesis can be categorized into two individual parts: First, steered molecular dynamics simulation was performed to assess tension of monomeric G-actin molecule, and stress-strain curves were... 

Find in content

sort by

Bookmark

  • سپاس‌گزاری (5)
  • مقدمه (17)
    • پیشگفتار (17)
    • پروتئین (19)
    • یاخته (20)
    • چارچوب یاخته (21)
      • فیلامنت‌های میانی (22)
      • ریزلوله‌ها (23)
      • اکتین (23)
        • تکپار اکتین (25)
        • رشته‌ی اکتین (27)
    • مقدمه‌ای بر روش دینامیک مولکولی (28)
      • میدان‌های نیرویی (30)
        • انرژی‌های پیوندی (31)
        • انرژی‌های ناپیوندی (32)
      • کمینه‌سازی انرژی (34)
      • انتگرال‌گیری (34)
      • شعاع قطع (35)
      • شرایط مرزی متناوب (37)
      • دینامیک مولکولی هدایت‌شده (38)
    • مروری بر روش‌های دینامیک مولکولی درشت‌دانه (39)
      • روش ساختارمحور (40)
      • روش شکل‌محور (41)
    • ساختار و محتوای پایان‌نامه (42)
    • جمع‌بندی (43)
  • مروری بر ادبیات موضوع و پیشینه‌ی پژوهش (45)
    • مقدمه (45)
    • مطالعات آزمایشگاهی و تجربی (45)
      • شکل ساختاری تکپار و رشته‌ی اکتین (46)
      • سختی کششی رشته‌ی اکتین (47)
      • صلبیت پیچشی رشته‌ی اکتین (48)
      • صلبیت خمشی رشته‌ی اکتین (50)
      • مقایسه‌ی مطالعات آزمایشگاهی رفتار مکانیکی اکتین (50)
    • مطالعات مدل‌سازی و شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای (52)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی تکپار اکتین (55)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی رشته‌ی اکتین (57)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی دانه‌درشت (60)
    • اهداف و نوآوری‌های پژوهش (65)
      • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی تکپار اکتین (65)
      • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (66)
    • جمع‌بندی (67)
  • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (69)
    • مقدمه (69)
    • سختی کششی تکپار اکتین در جهت محوری (69)
      • ابزارها و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (70)
      • روش استخراج سختی کششی محوری (72)
      • نتایج و تحلیل نتایج (75)
        • محاسبه‌ی طول پایسته (80)
        • محاسبه‌ی سختی رشته‌ی اکتین (81)
    • سختی کششی تکپار اکتین در جهت عرضی (83)
      • ابزارها و روش‌ها (85)
      • نتایج و تحلیل نتایج (86)
    • جمع‌بندی (91)
  • شبیه‌سازی تمام‌اتم رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (93)
    • مقدمه (93)
    • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (94)
      • ساخت سیستم اولیه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (94)
      • تست کشش و اعمال نیروی خارجی ثابت (97)
      • نوسانات آزاد طول رشته‌ی اکتین (100)
    • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (105)
    • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (109)
    • رفتار ویسکوالاستیک رشته‌ی اکتین (113)
      • وابستگی رفتار به نرخ کرنش (114)
      • خزش (115)
      • حلقه‌ی پسماند (116)
      • مدل‌های ویسکوالاستیک (118)
      • نتایج و تحلیل نتایج (119)
    • جمع‌بندی (123)
  • شبیه‌سازی دانه‌درشت رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (125)
    • مقدمه (125)
    • ساخت سیستم درشت‌دانه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (126)
    • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (128)
    • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (131)
    • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (133)
    • جمع‌بندی (135)
  • نتیجه‌گیری و روند پیش ‌رو (137)
    • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (137)
    • محدودیت‌ها (139)
    • روند پیش رو و پیشنهادها (140)
      • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (140)
      • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین تمام‌اتم (141)
      • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین درشت‌دانه (143)
  • کتاب‌نامه (144)
  • چکیده انگلیسی (167)
  • چکیده
  • سپاس‌گزاری (5)
  • مقدمه (17)
    • پیشگفتار (17)
    • پروتئین (19)
    • یاخته (20)
    • چارچوب یاخته (21)
      • فیلامنت‌های میانی (22)
      • ریزلوله‌ها (23)
      • اکتین (23)
        • تکپار اکتین (25)
        • رشته‌ی اکتین (27)
    • مقدمه‌ای بر روش دینامیک مولکولی (28)
      • میدان‌های نیرویی (30)
        • انرژی‌های پیوندی (31)
        • انرژی‌های ناپیوندی (32)
      • کمینه‌سازی انرژی (34)
      • انتگرال‌گیری (34)
      • شعاع قطع (35)
      • شرایط مرزی متناوب (37)
      • دینامیک مولکولی هدایت‌شده (38)
    • مروری بر روش‌های دینامیک مولکولی درشت‌دانه (39)
      • روش ساختارمحور (40)
      • روش شکل‌محور (41)
    • ساختار و محتوای پایان‌نامه (42)
    • جمع‌بندی (43)
  • مروری بر ادبیات موضوع و پیشینه‌ی پژوهش (45)
    • مقدمه (45)
    • مطالعات آزمایشگاهی و تجربی (45)
      • شکل ساختاری تکپار و رشته‌ی اکتین (46)
      • سختی کششی رشته‌ی اکتین (47)
      • صلبیت پیچشی رشته‌ی اکتین (48)
      • صلبیت خمشی رشته‌ی اکتین (50)
      • مقایسه‌ی مطالعات آزمایشگاهی رفتار مکانیکی اکتین (50)
    • مطالعات مدل‌سازی و شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای (52)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی تکپار اکتین (55)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی رشته‌ی اکتین (57)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی دانه‌درشت (60)
    • اهداف و نوآوری‌های پژوهش (65)
      • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی تکپار اکتین (65)
      • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (66)
    • جمع‌بندی (67)
  • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (69)
    • مقدمه (69)
    • سختی کششی تکپار اکتین در جهت محوری (69)
      • ابزارها و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (70)
      • روش استخراج سختی کششی محوری (72)
      • نتایج و تحلیل نتایج (75)
        • محاسبه‌ی طول پایسته (80)
        • محاسبه‌ی سختی رشته‌ی اکتین (81)
    • سختی کششی تکپار اکتین در جهت عرضی (83)
      • ابزارها و روش‌ها (85)
      • نتایج و تحلیل نتایج (86)
    • جمع‌بندی (91)
  • شبیه‌سازی تمام‌اتم رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (93)
    • مقدمه (93)
    • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (94)
      • ساخت سیستم اولیه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (94)
      • تست کشش و اعمال نیروی خارجی ثابت (97)
      • نوسانات آزاد طول رشته‌ی اکتین (100)
    • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (105)
    • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (109)
    • رفتار ویسکوالاستیک رشته‌ی اکتین (113)
      • وابستگی رفتار به نرخ کرنش (114)
      • خزش (115)
      • حلقه‌ی پسماند (116)
      • مدل‌های ویسکوالاستیک (118)
      • نتایج و تحلیل نتایج (119)
    • جمع‌بندی (123)
  • شبیه‌سازی دانه‌درشت رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (125)
    • مقدمه (125)
    • ساخت سیستم درشت‌دانه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (126)
    • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (128)
    • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (131)
    • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (133)
    • جمع‌بندی (135)
  • نتیجه‌گیری و روند پیش ‌رو (137)
    • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (137)
    • محدودیت‌ها (139)
    • روند پیش رو و پیشنهادها (140)
      • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (140)
      • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین تمام‌اتم (141)
      • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین درشت‌دانه (143)
  • کتاب‌نامه (144)
  • چکیده انگلیسی (167)
  • چکیده
  • سپاس‌گزاری (5)
  • مقدمه (17)
    • پیشگفتار (17)
    • پروتئین (19)
    • یاخته (20)
    • چارچوب یاخته (21)
      • فیلامنت‌های میانی (22)
      • ریزلوله‌ها (23)
      • اکتین (23)
        • تکپار اکتین (25)
        • رشته‌ی اکتین (27)
    • مقدمه‌ای بر روش دینامیک مولکولی (28)
      • میدان‌های نیرویی (30)
        • انرژی‌های پیوندی (31)
        • انرژی‌های ناپیوندی (32)
      • کمینه‌سازی انرژی (34)
      • انتگرال‌گیری (34)
      • شعاع قطع (35)
      • شرایط مرزی متناوب (37)
      • دینامیک مولکولی هدایت‌شده (38)
    • مروری بر روش‌های دینامیک مولکولی درشت‌دانه (39)
      • روش ساختارمحور (40)
      • روش شکل‌محور (41)
    • ساختار و محتوای پایان‌نامه (42)
    • جمع‌بندی (43)
  • مروری بر ادبیات موضوع و پیشینه‌ی پژوهش (45)
    • مقدمه (45)
    • مطالعات آزمایشگاهی و تجربی (45)
      • شکل ساختاری تکپار و رشته‌ی اکتین (46)
      • سختی کششی رشته‌ی اکتین (47)
      • صلبیت پیچشی رشته‌ی اکتین (48)
      • صلبیت خمشی رشته‌ی اکتین (50)
      • مقایسه‌ی مطالعات آزمایشگاهی رفتار مکانیکی اکتین (50)
    • مطالعات مدل‌سازی و شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای (52)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی تکپار اکتین (55)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی تمام‌اتم بر روی رشته‌ی اکتین (57)
      • شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی دانه‌درشت (60)
    • اهداف و نوآوری‌های پژوهش (65)
      • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی تکپار اکتین (65)
      • مطالعه‌ی رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (66)
    • جمع‌بندی (67)
  • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (69)
    • مقدمه (69)
    • سختی کششی تکپار اکتین در جهت محوری (69)
      • ابزارها و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (70)
      • روش استخراج سختی کششی محوری (72)
      • نتایج و تحلیل نتایج (75)
        • محاسبه‌ی طول پایسته (80)
        • محاسبه‌ی سختی رشته‌ی اکتین (81)
    • سختی کششی تکپار اکتین در جهت عرضی (83)
      • ابزارها و روش‌ها (85)
      • نتایج و تحلیل نتایج (86)
    • جمع‌بندی (91)
  • شبیه‌سازی تمام‌اتم رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (93)
    • مقدمه (93)
    • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (94)
      • ساخت سیستم اولیه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (94)
      • تست کشش و اعمال نیروی خارجی ثابت (97)
      • نوسانات آزاد طول رشته‌ی اکتین (100)
    • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (105)
    • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (109)
    • رفتار ویسکوالاستیک رشته‌ی اکتین (113)
      • وابستگی رفتار به نرخ کرنش (114)
      • خزش (115)
      • حلقه‌ی پسماند (116)
      • مدل‌های ویسکوالاستیک (118)
      • نتایج و تحلیل نتایج (119)
    • جمع‌بندی (123)
  • شبیه‌سازی دانه‌درشت رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین (125)
    • مقدمه (125)
    • ساخت سیستم درشت‌دانه و شرایط حاکم بر شبیه‌سازی (126)
    • رفتار کششی رشته‌ی اکتین (128)
    • رفتار پیچشی رشته‌ی اکتین (131)
    • رفتار خمشی رشته‌ی اکتین (133)
    • جمع‌بندی (135)
  • نتیجه‌گیری و روند پیش ‌رو (137)
    • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (137)
    • محدودیت‌ها (139)
    • روند پیش رو و پیشنهادها (140)
      • رفتار مکانیکی تکپار اکتین (140)
      • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین تمام‌اتم (141)
      • رفتار مکانیکی رشته‌ی اکتین درشت‌دانه (143)
  • کتاب‌نامه (144)
  • چکیده انگلیسی (167)
Loading...