Sharif Digital Repository / Sharif University of Technology
    • [Zoom In]
    • [Zoom Out]
  • Page 
     of  0
  • [Previous Page]
  • [Next Page]
  • [Fullscreen view]
  • [Close]
 

Design and Analysis of DNA Sequencing Methods  

, Ph.D. Dissertation Sharif University of Technology Nashtaali, Damoun (Author) ; Hossein Khalaj, Babak (Supervisor) ; Abolfazl, Motahhari (Co-Advisor)
Abstract
A DNA sequence is the information source of living kinds. Information of this sequence is at its constructing bases which has four different kinds. Sequencing DNA is necessary to resolve this information. At 1977, Sanger reported the first sequence of a DNA string. Recently, a human DNA string can be sequenced with 1000 in ~2 hours. Knowing DNA sequence helps to find function of each organism, predict and cure diseases (especially in cancer). Next Generation Sequencing (NGS) methods are based on shot-gun sequencing which fragmentize DNA strings and sequence each fragment. After sequencing, processing information of DNA is performed by the processing machine in two different types: alignment... 

Cataloging brief

Design and Analysis of DNA Sequencing Methods  

, Ph.D. Dissertation Sharif University of Technology Nashtaali, Damoun (Author) ; Hossein Khalaj, Babak (Supervisor) ; Abolfazl, Motahhari (Co-Advisor)
Abstract
A DNA sequence is the information source of living kinds. Information of this sequence is at its constructing bases which has four different kinds. Sequencing DNA is necessary to resolve this information. At 1977, Sanger reported the first sequence of a DNA string. Recently, a human DNA string can be sequenced with 1000 in ~2 hours. Knowing DNA sequence helps to find function of each organism, predict and cure diseases (especially in cancer). Next Generation Sequencing (NGS) methods are based on shot-gun sequencing which fragmentize DNA strings and sequence each fragment. After sequencing, processing information of DNA is performed by the processing machine in two different types: alignment... 

Find in content

sort by

Bookmark

  • مقدمه (10)
  • ماشین توالی یابی رشته DNA (15)
    • مروری بر مبانی زیست شناسی (15)
    • روش‌های توالی یابی سنتی (18)
      • روش اولیه سنگر (19)
      • روش ارتقا یافته سنگر (21)
    • توالی یابی نسل جدید (23)
      • آماده سازی کتابخانه (24)
        • افزایش قطعات به کمک نسخه برداری (25)
        • تک مولکولی (25)
      • آشکارسازی و توالی یابی (26)
    • تکنولوژی‌های توالی یابی نسل جدید (27)
      • تکنولوژی Illumina (28)
      • تکنولوژی توالی یابی Pacbio (30)
      • تکنولوژی توالی یابی Nanopore (32)
    • مقایسه ماشین‌های توالی یابی (34)
  • ماشین پردازش داده توالی یابی DNA (36)
    • انطباق خوانش‌ها (36)
      • مدل مسئله انطباق دو رشته (37)
      • برنامه نویسی پویا (38)
        • انطباق به کمک امتیازدهی (38)
        • فاصله دو رشته (39)
        • انطباق فراموضعی به روش نیدلمن-وونچ (40)
        • انطباق موضعی به روش اسمیت-واترمن (43)
        • مدل جریمه شکاف (43)
      • انطباق خوانش‌های ماشین توالی یابی (44)
        • روش فیلتر کردن (45)
        • روش فهرست کردن (47)
        • معرفی برخی از نرم افزارهای انطباق (50)
    • سرهم کردن خوانش‌ها (50)
      • شرح مسئله و تعاریف اولیه (51)
      • معرفی گراف‌ها (52)
        • اثر خطا ماشین توالی یابی بر گراف‌ها (54)
      • رویکردهای سرهم کردن خوانش‌های ماشین توالی یابی (56)
        • رویکرد گراف تداخل (56)
        • رویکرد گراف دوبراین (57)
        • رویکرد حریصانه (59)
      • معیارهای ارزیابی الگوریتم‌های سرهم کردن خوانش‌ها (60)
    • تحلیل ماشین پردازش داده (62)
      • تعریف مسئله (62)
      • کران‌های پائین (64)
        • کران طول طیف رشته (65)
        • کران پوشش (71)
        • کران طول خوانش‌ها (73)
      • تحلیل الگوریتم‌های ماشین پردازش داده (75)
        • تحلیل الگوریتم‌های حریصانه (76)
        • تحلیل الگوریتم‌های k-mer (78)
        • جمع‌بندی تحلیل الگوریتم‌ها (79)
  • طراحی الگوریتم ماشین توالی یابی برای انطباق خوانش‌ها (81)
    • مقدمه (81)
    • مدل موزاییکی ژنوم واقعی (82)
    • معرفی گام انطباق بر اساس ساختار ژنوم برای بازه‌های تصادفی (84)
      • معرفی الگوریتم تخمین مقادیر مناسب (87)
      • معرفی الگوریتم گام انطباق (88)
      • تحلیل گام انطباق (90)
    • معرفی گام تخصیص بر اساس ساختار ژنوم برای تکرارهای کم تکرار (93)
      • معرفی الگوریتم گام تخصیص (94)
    • نتایج شبیه سازی و تست واقعی (95)
      • نتایج شبیه سازی و انتخاب بهترین انطباق دهنده در گام اول الگوریتم (96)
      • نتایج شبیه سازی و مقایسه با دیگر انطباق دهنده‌ها برای ژنوم انسان (97)
      • نتایج ارزیابی داده واقعی (100)
  • طراحی روش نوین توالی یابی: همزمانی ماشین‌های توالی یابی و پردازش داده (104)
    • رویکرد (104)
    • ماشین پردازش داده پیشنهادی (105)
      • الگوریتم ماشین پردازشی برای انطباق خوانش‌ها (106)
        • بررسی میزان پوشش الگوریتم انطباق پیشنهادی در ماشین پردازشی (118)
        • نتایج شبیه سازی الگوریتم پیشنهادی و ارزیابی داده واقعی (124)
      • الگوریتم ماشین پردازشی برای سرهم کردن خوانش‌ها (128)
    • ماشین توالی یابی متناسب با ماشین پردازش داده پیشنهادی (133)
  • جمع بندی (136)
  • مراجع (139)
Loading...