Sharif Digital Repository / Sharif University of Technology
    • [Zoom In]
    • [Zoom Out]
  • Page 
    		 of  0
  • [Previous Page]
  • [Next Page]
  • [Fullscreen view]
  • [Close]
 
سنتز و بررسی ارتباط ساختار و فعالیت بازدارنده‌های نوین برپایه پیریدازین به منظور جلوگیری از تشکیل فیبریل‌های آمیلوییدی، و بیوسنتز و بهینه‌سازی آنزیم اسپاراژینازII به منظور هیدرولیز سوبسترای غیرطبیعی
نظری خدادادی، علیرضا Nazari Khodadadi, Alireza

Cataloging brief

سنتز و بررسی ارتباط ساختار و فعالیت بازدارنده‌های نوین برپایه پیریدازین به منظور جلوگیری از تشکیل فیبریل‌های آمیلوییدی، و بیوسنتز و بهینه‌سازی آنزیم اسپاراژینازII به منظور هیدرولیز سوبسترای غیرطبیعی
پدیدآور اصلی :   نظری خدادادی، علیرضا Nazari Khodadadi, Alireza
ناشر :   صنعتی شریف
سال انتشار  :   1396
موضوع ها :   آمیلویید Amyloid هم گروه سازی Cloning ترکیبات آلی مبتنی بر پیریدازین Pyridazine-Based...
شماره راهنما :   ‭03-50722

Find in content

sort by

Bookmark

  • چکیده (3)
  • فهرست مطالب (4)
  • فهرست شکل‌ها (13)
  • فصل1 مقدمه (19)
    • 1-1 اسیدهای نوکلئیک (20)
      • 1-1-1 داکسی ریبونوکلئیک اسیدDNA (20)
      • 1-1-2 ریبونوکلئیک اسیدRNA (20)
    • 1-2 پروتئین‌ها (21)
      • 1-2-1 ساختمان اول پروتئین (21)
      • 1-2-2 ساختمان دوم پروتئین (22)
      • 1-2-3 ساختمان سوم پروتئین (24)
      • 1-2-4 ساختمان چهارم پروتئین (25)
    • 1-3 تاخوردن پروتئین (25)
    • 1-4 چاپرون (26)
    • 1-5 غلط تا خوردن پروتئین و تشکیل تجمع‌های پروتئین (27)
    • 1-6 فیبریل‌های آمیلوئیدی (27)
    • 1-7 ساختار فیبریل‌های آمیلوئیدی (27)
    • 1-8 حدواسط‌ها در فرآیند تشکیل فیبریل‌های آمیلوئیدی (28)
    • 1-9 بیماری‌های مرتبط با غلط تاخوردگی پروتئین (29)
    • 1-10 آلزایمر و پپتید Aβ (29)
    • 1-11 لیزوزیم به عنوان مدل برای مطالعه آمیلوئید (30)
    • 1-12 ناحیه آمیلوئیدوژنیک لیزوزیم (31)
    • 1-13 روش‏های تشخیص فیبریل‌های آمیلوئیدی (32)
      • 1-13-1 اتصال تایوفلاوین Thiofalvin-T (Th-T) (32)
      • 1-13-2 الکتروفورز ژل آگارز (33)
      • 1-13-3 عکس‌برداری میکروسکوپ‌ الکترونی عبوری (33)
      • 1-13-4 طیف‌سنجی دو رنگ نمایی دورانی (33)
    • 1-14 مهارکننده‌های تشکیل فیبریل‌های آمیلوئیدی (34)
    • 1-15 پیریدازین (34)
      • 1-15-1 خواص دارویی پیریدازین (35)
    • 1-16 کمومتریکس و کاربرد آن در طراحی دارو (36)
    • 1-17 ارتباط کمی ساختار و فعالیت(QSAR) (37)
    • 1-18 رگرسیون (37)
    • 1-19 روش‌های پارامتری (38)
    • 1-20 کلون سازی ژن به‌منظور تولید پروتئین‌های نوترکیب (38)
      • 1-20-1 وکتور و پلاسمید (39)
      • 1-20-2 آنزیم‌های محدودالاثر (40)
      • 1-20-3 تکثیر ژن در شرایط in vitro با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (40)
        • 1-20-3-1 مکانیسم پلیمره‌شدن در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (42)
        • 1-20-3-2 پرایمر (42)
      • 1-20-4 لیگاسیون (42)
      • 1-20-5 بیان پروتئین (43)
    • 1-21 آنزیم II L-asparaginase (44)
      • 1-21-1 تاریخچه (44)
      • 1-21-2 عملکرد بیولوژیکی (44)
      • 1-21-3 مکانیسم هیدرولیز کردن اسیدآمینه اسپارژین (44)
      • 1-21-4 سایت فعال آنزیم اسپاراژیناز (45)
      • 1-21-5 انواع آنزیم اسپارژیناز (45)
    • 1-22 بیواورگانیک (46)
    • 1-23 مزایای استفاده از آنزیم‌ها در مقایسه با کاتالیست‌های معدنی (46)
      • 1-23-1 استراتژی مهندسی پروتئین (47)
    • 1-24 جهش و ترمیم DNA (47)
      • 1-24-1 جهش نقطه‌ای (48)
      • 1-24-2 جهش حذفی (48)
      • 1-24-3 جهش تصادفی (48)
    • 1-25 هدف از پژوهش حاضر (49)
  • فصل2 مواد و روش پژوهش (50)
    • 2-1 سنتز ترکیبات آلی سنتزشده بر پایه پیریدازین (51)
      • 2-1-1 سنتز N3,N6 - دی (-3هیدروکسی فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-1) (51)
      • 2-1-2 سنتز N3,N6 - دی (-4هیدروکسی فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-2) (52)
      • 2-1-3 سنتز N3,N6 - دی (-3متوکسی فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-3) (52)
      • 2-1-4 سنتز N3,N6 - دی فنیل پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-4) (53)
      • 2-1-5 سنتز N3,N6 - دی (-4برومو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-5) (54)
      • 2-1-6 سنتز N3,N6 - دی (-3,4دی کلرو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-6) (55)
      • 2-1-7 سنتز N3,N6 - دی (-3فلورو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-7) (56)
      • 2-1-8 سنتز N3,N6 - دی (-3نیترو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-8) (56)
      • 2-1-9 سنتز N3,N6 - دی (-3کلرو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-9) (57)
      • 2-1-10 سنتز N3,N6 - دی (-4کلرو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-10) (58)
      • 2-1-11 سنتز N3,N6 - دی (-4متیل بنزوات)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-11) (59)
      • 2-1-12 سنتز N3,N6 - دی (-4نیترو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-12) (60)
      • 2-1-13 سنتز N3,N6 - دی (-4فلورو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-13) (60)
      • 2-1-14 سنتز N3, N6 - دی (-3متیل فنیل) پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-14) (61)
      • 2-1-15 سنتز N3,N6 - دی (4- بزوئیک اسید)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-15) (62)
    • 2-2 بررسی فعالیت بیولوژیکی ترکیبات سنتز شده در جلوگیری از تشکیل فیبریل‌های آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم (62)
      • 2-2-1 شرایط تشکیل فیبریل پروتئین لیزوزیم (62)
      • 2-2-2 پیدا کردن حلال کمکی (63)
      • 2-2-3 ساختن استوک بازدارنده (ترکیبات سنتزشده) (63)
      • 2-2-4 تشکیل فیبریل پروتئین لیزوزیم در حضور ترکیبات سنتز شده به عنوان بازدارنده (64)
      • 2-2-5 بررسی میزان جلوگیری از میزان تشکیل فیبریل با استفاده از آزمایش نشر تایوفلاوین (65)
      • 2-2-6 آزمایش TEM (65)
      • 2-2-7 آزمایش Far CD (66)
      • 2-2-8 آزمایش ژل الکتروفورز (66)
      • 2-2-9 غلظت مهار رشد 50درصد(IC50) (66)
      • 2-2-10 ارتباط کمی ساختار و فعالیت(QSAR) (67)
    • 2-3 کلون سازی و بیان پروتئین آسپاراژیناز (69)
      • 2-3-1 انتخاب وکتور (69)
      • 2-3-2 آماده‌سازی وکتور Pet26b + جهت کلونینگ (70)
        • 2-3-2-1 رشد دادن سلول DH5 در محیط جامد (70)
        • 2-3-2-2 رشد دادن سلول DH5 در محیط مایع (70)
        • 2-3-2-3 استخراج پلاسمید (71)
        • 2-3-2-4 ژل الکتروفورز آگارز به منظور بررسی پلاسمید استخراج‌شده(الکتروفورز افقی) (72)
        • 2-3-2-5 هضم آنزیمی و خالص‌سازی وکتور (73)
        • 2-3-2-6 ژل اکریل آمید برای DNA (73)
        • 2-3-2-7 رنگ‌آمیزی به کمک نقره (74)
      • 2-3-3 طراحی پرایمر (75)
        • 2-3-3-1 نکاتی که هنگام طراحی پرایمر باید رعایت کرد (75)
      • 2-3-4 آماده‌سازی ژن آنزیم اسپارژیناز جهت کلونینگ (78)
        • 2-3-4-1 رشد دادن سلول باکتری E-coli UTI89 (78)
        • 2-3-4-2 استخراج ژن (78)
        • 2-3-4-3 واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (79)
        • 2-3-4-4 چک کردن محصول به کمک ژل الکتروفورز افقی (80)
        • 2-3-4-5 تخلیص کردن محصول PCR (80)
        • 2-3-4-6 هضم آنزیمی بر روی محصول PCR (80)
      • 2-3-5 لیگاسیون (81)
      • 2-3-6 ساخت سلول‌های باکتری مستعد ترانسفرم کردن محصول لیگاسیون(وکتور نوترکیب) به درون باکتری DH5α (81)
    • 2-4 بیان پروتئین نوترکیب در سیستم باکتری و استخراج پروتئین تولیدشده (82)
    • 2-5 الکتروفورز پروتئین SDS-PAGE (83)
      • 2-5-1 آماده‎‏سازی ژل و بارگذاری نمونه‏ها (84)
      • 2-5-2 رنگ‌آمیزی ژل (85)
      • 2-5-3 رنگ بری ژل (85)
    • 2-6 وسترن بلات (86)
  • فصل3 بحث و نتیجه‌گیری (89)
    • 3-1 سنتز N3,N6 - دی (3-هیدروکسی فنیل) پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-1) (90)
      • 3-1-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-1 (90)
      • 3-1-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-1 (91)
      • 3-1-3 طیف HSQC ترکیب Py-1 (92)
    • 3-2 سنتز N3,N6 - دی (4-هیدروکسی فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-2) (93)
      • 3-2-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-2 (93)
      • 3-2-2 طیف جرمی (94)
    • 3-3 سنتز N3,N6 - دی (3-متوکسی فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-3) (95)
      • 3-3-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-3 (95)
      • 3-3-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-3 (96)
      • 3-3-3 طیف HSQC ترکیب Py-3 (97)
    • 3-4 سنتز N3,N6 - دی فنیل پیریدازین-3و6 دی آمین( (Py-4 (98)
      • 3-4-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-4 (98)
      • 3-4-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-4 (99)
      • 3-4-3 طیف HSQC ترکیب Py-4 (100)
    • 3-5 سنتز N3,N6 - دی (4-برومو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-5) (101)
      • 3-5-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-5 (101)
      • 3-5-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-5 (102)
    • 3-6 سنتز N3,N6 - دی (3,4-دی کلرو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-6) (103)
      • 3-6-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-6 (103)
      • 3-6-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-6 (104)
    • 3-7 سنتز N3,N6 - دی (3-فلورو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-7) (105)
      • 3-7-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-7 (105)
      • 3-7-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-7 (106)
    • 3-8 سنتز N3,N6 - دی (3-نیترو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-8) (107)
      • 3-8-1 طیف 1HNMRترکیب Py-8 (107)
      • 3-8-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-8 (108)
    • 3-9 سنتز N3,N6 - دی (3-کلرو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-9) (109)
      • 3-9-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-9 (109)
      • 3-9-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-9 (110)
    • 3-10 سنتز N3,N6 - دی (4-کلرو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-10) (111)
      • 3-10-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-10 (111)
      • 3-10-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-10 (112)
    • 3-11 سنتز N3,N6 - دی (4-متیل بنزوات)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-11) (113)
      • 3-11-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-11 (113)
      • 3-11-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-11 (114)
    • 3-12 سنتز N3,N6 - دی (4-نیترو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-12) (115)
      • 3-12-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-12 (115)
      • 3-12-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-12 (116)
    • 3-13 سنتز N3,N6 - دی (4-فلورو فنیل)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-13) (117)
      • 3-13-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-13 (117)
      • 3-13-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-13 (118)
    • 3-14 سنتز N3, N6 - دی (3-متیل فنیل) پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-14) (119)
      • 3-14-1 طیف 1HNMR ترکیب Py-14 (119)
      • 3-14-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-14 (120)
    • 3-15 سنتز N3,N6 - دی (4- بزوئیک اسید)پیریدازین-3و6 دی آمین (Py-15) (121)
      • 3-15-1 طیف 1HNMR (121)
      • 3-15-2 طیف 13CNMR ترکیب Py-15 (122)
      • 3-15-3 طیف IR ترکیب Py-15 (123)
    • 3-16 بررسی مکانیسم سنتز آمیندارشدن پیریدازین (123)
    • 3-17 بررسی میزان بازدارندگی ترکیبات سنتز شده در تشکیل فیبریل‌های آمیلوئید (125)
      • 3-17-1 آنالیز اتصال تایوفلاوین (125)
    • 3-18 بررسی بیشتر تأثیر حجم و موقعیت استخلاف در میزان بازدارندگی (127)
    • 3-19 بررسی و مقایسه ساختار ترکیب‌هایی که در موقعیت استخلاف باهم متفاوت‌اند (127)
    • 3-20 تأثیر موقعیت گروه هیدروکسی در آزاد شدن هیدروژن رادیکالی در Py-1 و Py-2 (128)
    • 3-21 آنالیز TEM (130)
    • 3-22 آنالیز Circular Dichrosim (Far CD) (131)
    • 3-23 ژل الکتروفورز (132)
    • 3-24 QSAR (133)
    • 3-25 نتیجه‌گیری (136)
    • 3-26 کلون سازی و بیان آنزیم اسپاراژیناز (137)
      • 3-26-1 آماده‌سازی وکتور (137)
      • 3-26-2 آماده‌سازی ژن (138)
      • 3-26-3 بررسی کلونی‌های به‌دست‌آمده (139)
    • 3-27 تعیین توالی وکتور نوترکیب (142)
    • 3-28 بیان پروتئین اسپاراژیناز نوترکیب (144)
    • 3-29 نتیجه‌گیری (145)
Loading...