• 1 مقدمه (12)
  • 1-1 تعاریف و پیش‌نیاز‌ها (12)
  • 2-1 معرفی مساله (16)
  • 3-1 ویژگی‌های داده و مسئله (17)
    • 3-1.1 حجم بالای داده (17)
    • 3-1.2 مشخص نبودن نقاط از قلم افتادگی (17)
    • 3-1.3 توزیع ویژه‌ی نوفه (18)
    • 3-1.4 ارتباطات قوی میان ژن‌ها (19)
  • 4-1 اهمیت و کاربردها (20)
  • 5-1 ساختار پایان‌نامه (21)
• 2 پژوهش‌های پیشین (22)
  • 1-2 دسته‌بندی روش‌ها بر اساس نوع عملکرد (22)
  • 2-2 دسته‌بندی روش‌ها بر اساس الگوریتم پیش‌بینی مقادیر (24)
  • 3-2 دسته‌بندی روش‌ها بر اساس مدل نوفه (27)
  • 4-2 تشریح روش‌های پیشین (27)
    • 4-2.1 روش BISCUIT (29)
    • 4-2.2 روش MAGIC (31)
    • 4-2.3 روش ZINB-WaVE (33)
    • 4-2.4 روش SAVER (36)
    • 4-2.5 روش scImpute (38)
    • 4-2.6 روش UNCURL (39)
    • 4-2.7 روش DrImpute (41)
    • 4-2.8 روش URSM (42)
    • 4-2.9 روش KNN-smoothing (44)
    • 4-2.10 روش netSmooth (45)
    • 4-2.11 روش SAUCIE (46)
    • 4-2.12 روش DECODE (49)
    • 4-2.13 روش VIPER (51)
    • 4-2.14 روش scVI (52)
    • 4-2.15 روش DCA (55)
    • 4-2.16 روش deepImpute (57)
  • 5-2 جمع‌بندی (58)
• 3 چهارچوب ارزیابی (59)
  • 1-3 مقدمه (59)
  • 2-3 بازیابی مقادیر از قلم افتاده (62)
  • 3-3 حذف نوفه ناشی از نمونه برداری (64)
  • 4-3 بهبود فاصله و خوشه‌بندی در داده‌های برچسب دار (66)
  • 5-3 حفظ اطلاعات چرخه یاخته‌ای (68)
  • 6-3 شباهت به داده توالی یابی شده با عمق بالا (69)
  • 7-3 همخوانی با اطلاعات پروتئین‌ها (70)
• 4 راهکار پیشنهادی (72)
  • 1-4 مقدمات (72)
  • 2-4 ساختار کلی روش پیشنهادی (73)
  • 3-4 ساختار و اتصالات شبکه‌ی اصلی (74)
  • 4-4 شبکه تغییر اندازه‌ی سلول‌ها (77)
  • 5-4 تابع خطا (77)
  • 6-4 تصحیح مقادیر (80)
  • 7-4 پیاده‌سازی (80)
  • 8-4 نکات در نظر گرفته شده (81)
    • 8-4.1 در نظر گرفتن مدل نوفه (81)
    • 8-4.2 حفظ اندازه‌ی کتابخانه‌ی سلول‌ها (83)
  • 9-4 جمع‌بندی (84)
• 5 ارزیابی (86)
  • 1-5 بازیابی مقادیر از قلم افتاده (87)
  • 2-5 حذف نوفه ناشی از نمونه برداری (89)
  • 3-5 بهبود فاصله و خوشه‌بندی در داده‌های برچسب دار (90)
  • 4-5 حفظ اطلاعات چرخه یاخته‌ای (92)
  • 5-5 شباهت به داده توالی یابی شده با عمق بالا (93)
  • 6-5 همخوانی با اطلاعات پروتئین‌ها (94)
  • 7-5 جمع‌بندی (95)
• 6 جمع‌بندی و کار‌های آتی (96)
• آ جداول و شکل‌های بیشتر ارزیابی (98)
• مراجع (108)
• واژه‌نامه فارسی به انگلیسی (114)
• واژه‌نامه انگلیسی به فارسی (116)