Please enable javascript in your browser.
Page
of
0
تجزیه و تحلیل مقایسه ای الگوریتم های برهم گذاری هاپلوتایپ به منظور شناسایی و ارائه روش های بهینه
باقر، ملینا Bagher, Melina
Cataloging brief
تجزیه و تحلیل مقایسه ای الگوریتم های برهم گذاری هاپلوتایپ به منظور شناسایی و ارائه روش های بهینه
پدیدآور اصلی :
باقر، ملینا Bagher, Melina
ناشر :
صنعتی شریف
سال انتشار :
1401
موضوع ها :
هاپلوتایپ Haplotype ژنوم داده Genome Data توالییابی ژنوم Genome Sequencing کروموزوم ها...
شماره راهنما :
05-56057
Find in content
sort by
page number
page score
Bookmark
1- مقدمه
(14)
1- 1- تعریف مساله
(14)
1- 2- اهمیت موضوع
(22)
1- 3- اهداف پروژه
(25)
1- 4- ساختار پایاننامه
(25)
2- مفاهیم اولیه
(26)
2- 1- تعاریف پایه زیستی و ژنتیکی
(26)
2- 1- 1- کروموزوم وDNA
(26)
2- 1- 2- چندریختی تک نوکلئوتیدی57F :
(27)
2- 1- 3- ژن60F
(28)
2- 1- 4- الل64F
(29)
2- 1- 5- هتروزیگوسیتی و هموزیگوسیتی
(29)
2- 1- 6- ژنوتایپ70F
(30)
2- 1- 7- هاپلوتایپ72F
(30)
2- 1- 8- ژنوم مرجع73F
(31)
2- 2- توالییابی75F
(32)
2- 2- 1- مقدمه
(32)
2- 2- 2- خوانش 84F
(32)
2- 2- 3- نگاشت کردن86F
(33)
2- 2- 4- پوشش88F
(34)
2- 2- 5- طول خوانش90F
(34)
2- 2- 6- تکنولوژیهای توالییابی پرتوان
(34)
2- 2- 6- 1- تکنولوژی توالی یابی نسل دوم
(35)
2- 2- 6- 2- تکنولوژی توالییابی نسل سوم
(36)
2- 3- ابزارها و فرمت دادهها
(38)
2- 3- 1- ابزارهای شبیهسازی
(38)
2- 3- 2- فرمت Fastq
(38)
2- 3- 3- ابزارهای همتراز کننده 97F
(39)
2- 3- 4- فرمتهای BAM، SAM و CRAM
(40)
2- 3- 5- خواندن جهشها104F
(42)
2- 3- 6- فرمت VCF
(42)
2- 3- 7- ابزار نمایش دادهها
(44)
3- پیشینه تحقیق
(45)
3- 1- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از روش ابتکاری FastHare:
(45)
3- 2- معیار کمترین تصحیح خطا (MEC)112F :
(46)
3- 3- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از روش بیشترین برش113F
(48)
3- 4- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از روش خوشهبندی نیمه نظارت شده
(49)
3- 5- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از روش ابتکاری FastHap:
(54)
3- 6- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از روش خوشهبندی فازی سی مینز
(58)
3- 7- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از خوشهبندی نوتروسوفیک سی مینز117F
(60)
3- 8- بازسازی هاپلوتایپ با استفاده از خودرمزگذار کانولوشنی120F [58]
(64)
4- روش پیشنهادی و نتایج
(67)
4- 1- دادههای مساله
(67)
4- 1- 1- بررسی تئوری ویژگیهای مناسب داده
(67)
4- 1- 2- بررسی عملی ویژگیهای مناسب داده
(71)
4- 1- 3- شبیه سازی دادهها
(72)
4- 2- پیاده سازی برخی الگوریتمهای ناموفق
(74)
4- 2- 1- روشهای مبتنی بر بخشبندی اسنیپها
(75)
4- 2- 2- روش خودرمزگذار کانولوشنی134F
(75)
4- 2- 3- پیشنهاد یک شبکه عصبی جدید
(76)
4- 3- راه حل پیشنهادی نهایی
(79)
4- 3- 1- تعاریف اولیه و فرمولها
(79)
4- 3- 2- مراحل اجرای الگوریتم
(81)
4- 4- بررسی نتایج
(84)
4- 4- 1- معیارهای ارزیابی
(84)
4- 4- 1- 1- زمان اجرای الگوریتمها
(84)
4- 4- 1- 2- معیار نرخ بازسازی RR
(84)
4- 4- 1- 3- معیار تصحیح کمترین خطا MEC
(85)
4- 4- 2- مقایسه عملکرد الگوریتمها
(85)
4- 4- 3- نتیجهگیری
(92)
5- جمعبندی و کارهای آینده
(93)
مراجع
(94)
![[Zoom In]](/images/spacer.gif)
