Loading...

Biological Network Alignment using Multi-Core Processors

Tavakoli Neyshabur, Behnam | 2011

1021 Viewed
  1. Type of Document: M.Sc. Thesis
  2. Language: Farsi
  3. Document No: 41944 (19)
  4. University: Sharif University of Technology
  5. Department: Computer Engineering
  6. Advisor(s): Ghodsi, Mohammad
  7. Abstract:
  8. Interactions among proteins and resulted networks of such interactions have a central role in biology. Aligning these networks leads effective information such as finding conserved complexes and evolutionary relationships. The inofrmation provided by global alignment of these networks is more meaningful in comparison to local alignment. In the problem of global alignment, time complexity is one of the most important challenges. Today, multi-core processors are used to solve many time-consuming bioinformatics problems. In this thesis, after reviewing pervious approaches on global alignment of biological networks, we present two novel algorithm for this problem. The first one is designed for simple processors and the later runs on Graphics Processing Unit
  9. Keywords:
  10. Bioinformatics ; Alignment ; Protein-Protein Interaction ; Biological Networks ; Multicore Processors

 Digital Object List

 Bookmark

  • فهرست مطالب
  • فهرست تصاویر
  • فهرست جداول
  • مفاهیم اولیه
    • مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک و زیست‌ٰشناسی مولکولی
      • بیوانفورماتیک
      • نظریه سلولی
    • بر‌هم‌کنش پروتئین
    • شبکه برهم‌‌کنش‌های پروتئین-پروتئین
    • مسئله هم‌ترازی ‌شبکه‌ها
      • دیدگاه محلی
      • دیدگاه سراسری
    • معیارهای کیفیت هم‌ترازی
      • درستی یال (EC)
      • درستی رأس (NC)
      • درستی برهم‌کنش (IC)
      • اندازه بزرگترین زیرگراف همبند مشترک (LCCS)
      • ارزش آماری
      • معیار‌های زیستی
  • معرفی الگوریتم‌های هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی
    • مروری بر الگوریتم‌های پیشین هم‌ترازی
    • الگوریتم ایزورنک
      • مراحل الگوریتم
      • ساخت ماتریس R
      • محاسبه ماتریس R
      • جستجوی حریصانه
      • نتایج
    • الگوریتم گرال
      • مراحل الگوریتم
      • محاسبه ماتریس C
      • الگوریتم‌های جستجو
      • پیچیدگی
      • نتایج
    • الگوریتم ام‌آی‌گرال
      • مراحل الگوریتم
      • محاسبه ماتریس C
      • الگوریتم جستجو
      • پیچیدگی
      • نتایج
  • الگوریتمی جدید برای هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی
    • الگوریتم نتال
      • محاسبه ماتریس امتیاز شباهت
      • محاسبه ماتریس امتیاز برهم‌کنش
      • بدست آوردن هم‌ترازی
    • پیچیدگی
    • نتایج
      • هم‌ترازی دو شبکه انسان و مخمر
      • ارزش آماری هم‌ترازی شبکه‌های انسان و مخمر
      • زمان اجرا
  • هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی با استفاده از پردازنده‌های چندهسته‌ای
    • پردازش موازی
      • پردازش خوشه‌ای
      • معماری چند‌هسته‌ای
      • پردازنده سل
      • پردازنده‌های گرافیکی
    • آشنایی با پردازنده‌های گرافیکی
      • تفاوت‌های مهم سی‌پی‌یو و جی‌پی‌یو
      • استفاده از قابلیت‌های جی‌پی‌یو در برنامه‌های کاربردی
      • مدل برنامه‌نویسی کودا
      • انواع مختلف حافظه در کودا
      • برنامه‌نویسی ناهمگن
    • هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی با استفاده از واحد پردازش گرافیکی
      • تولید هم‌ترازی اولیه
      • بهینه‌سازی هم‌ترازی سراسری
    • پیاده‌سازی روی واحد پردازش گرافیکی
      • طراحی داده‌ساختار‌ها
      • تقسیم مسئله به چند زیرمسئله
      • اجرای زیرمسئله در بلوک
    • نتایج
  • نتیجه‌گیری و کارهای آینده
  • مراجع
  • واژه‌نامه فارسی به انگلیسی
  • واژه‌نامه انگلیسی به فارسی
...see more