• فهرست مطالب (6)
• مقدمات زیستی (8)
  • زیست شناسی سرطان (9)
    • اصل اساسی زیست شناسی (9)
    • تکامل (12)
    • جهش و محتوای ژنتیکی (13)
    • مسیرهای زیستی (14)
    • سرطان (16)
    • ناهمگونی و زیرنوع‌های سرطان (18)
    • سلول‌های بنیادی سرطانی (20)
    • سرطان سینه (21)
  • اندازه‌گیری بیان ژن (24)
    • میکروآرایه (24)
    • RNA-Seq (27)
    • RT-qPCR (31)
  • تعریف مسأله (31)
• مقدمات یادگیری ماشینی و آماری (33)
  • یادگیری نیمه-نظارتی (33)
  • کاهش ابعاد‌ (34)
    • fold-change (36)
  • مباحثی در آزمون فرض و کنترل خطا (37)
    • t-test (37)
    • ANOVA (39)
    • مشکل آزمون‌های چندگانه (40)
  • بررسی هم‌خوانی و کیفیت دسته‌ها (43)
    • منحنی ROC (44)
    • MCC (46)
    • آماره‌ی Kappa (47)
    • IGP (48)
  • تحلیل بقا (49)
  • مثال‌هایی از روش‌های موفق (54)
    • SAM (54)
    • PAM (55)
  • مباحث تکمیلی (57)
    • Bootstrap (57)
    • نسبت شانس (58)
• مرور کاربردهای پروفایل بیان ژن‌ها در بررسی زیرنوع‌های سرطان (60)
  • کارایی استفاده از بیان ژن‌ها در تعیین زیرنوع‌ها (61)
  • زیرنوع‌های سرطان سینه بر اساس بیان ژن‌ها (63)
    • تعریف زیرنوع‌ (63)
    • روش‌های کاهش ابعاد (66)
    • آزمون‌های مبتنی بر امضاهای ژنی (69)
    • روش‌های نیمه-نظارتی (73)
  • ارزیابی دسته‌بندی‌های تعریف شده و چالش‌های آن‌ها (76)
    • بررسی کیفیت زیرنوع‌ها و هم‌خوانی آن‌ها‌ (76)
    • ملاحظاتی در مورد امضاهای ژنی در مورد خروجی‌های بالینی سرطان (77)
    • زیرنوع‌ها و ناهمگونی‌ (79)
  • داده‌ها (82)
  • جمع‌بندی (83)
• خوشه‌بندی و نتایج آن (84)
  • خوشه‌بندی داده‌ها (84)
    • معرفی داده‌ها (84)
    • خوشه‌بندی و بررسی خوشه‌ها‌ (84)
  • فیلتر کردن بر اساس هم‌خوانی داده‌های میکروآرایه و RNAseq (92)
    • بررسی هم‌بستگی داده‌های میکرو‌آرایه و RNAseq (92)
  • بحث و بررسی نتایج (96)
• جمع‌بندی (99)
• toمراجع (101)