• فهرست تصاویر (7)
• نمادها (7)
• مقدمه (10)
• مدل‌سازی مونتاژ ژن بر مبنای رشته‌های مجاز (14)
  • رشته‌های مجاز (14)
  • عملگر‌های مولکولی (17)
• نظریه گراف و مونتاژ ژن (22)
  • مقدمات و تعاریف اولیه (22)
  • گراف‌های علامت‌دار (25)
  • مدل‌سازی مونتاژ ژن بر مبنای گراف علامت‌دار (28)
    • کاهش گراف علامت‌دار (29)
    • استراتژی کاهش (35)
    • استراتژی کاهش یک‌دست (39)
• مونتاژ موازی ژن (43)
  • توازی در کاهش گراف‌های علامت‌دار (44)
    • پیچیدگی موازی (52)
  • عدم امکان اجرای یک نوع قاعدهٔ کاهش (57)
  • عدم وجود توازی در گام اول کاهش (61)
  • کران بالایی برای پیچیدگی موازی (67)
  • پیچیدگی موازی برخی گراف‌های خاص (72)
    • گراف‌های دوبخشی منفی (72)
    • درخت‌های علامت‌دار (84)
    • گراف‌‌های منفی خاص (94)
• رویکرد جبری گراف در مونتاژ ژن (99)
• مراجع (105)
• واژه‌نامهٔ فارسی به انگلیسی و نمایه (107)
• واژه‌نامهٔ انگلیسی به فارسی (111)