• مقدمه (13)
  • تعریف مسئله (13)
  • اهمیت موضوع (14)
  • اهداف پژوهش (15)
  • ساختار پایان‌نامه (15)
• مفاهیم اولیه (16)
  • بازنمایی مولکول‌ها و پیش‌بینی خواص آن‌ها (16)
  • گراف‌ها و شبکه‌های عصبی گرافی (18)
  • کدگذارهای خودکار (25)
  • مدل‌های تلفیقی (28)
  • یادگیری انتقالی (30)
  • توضیح‌پذیری و تفسیرپذیری مدل‌های یادگیری ماشین (32)
  • جمع‌بندی (35)
• کارهای پیشین (37)
  • پیش بینی خواص مولکول‌های شیمیایی (38)
    • یادگیری عمیق (38)
    • شبکه‌های عصبی گرافی (39)
  • توضیح پذیری و منطقی سازی مد‌ل‌های گرافی (41)
  • جمع‌بندی (55)
• روش انجام پژوهش (56)
  • مدل‌سازی مسئله (56)
  • روش پیشنهادی پژوهش (58)
    • مدل پیشنهادی (58)
    • تابع هزینه (61)
  • تنظیمات عملی روش (63)
    • دادگان (64)
    • معیارهای ارزیابی (65)
    • توضیحات پیاده‎‌سازی (68)
    • توضیحات بررسی عملکرد و همچنین مدل‌های مبنای مقایسه (70)
    • تحلیل زمان و حافظه برای روش پیشنهادی (71)
  • جمع‌بندی (73)
• بحث و نتایج (75)
  • عملکرد مدل برای وظیفه پیش‌بینی خواص (75)
  • عملکرد مدل برای وظیفه کشف قسمت منطقی (76)
  • جمع‌بندی (86)
• نتیجه‌گیری (87)
• مراجع (90)
• واژه‌نامه (95)