• چکیده (7)
• فهرست مطالب (8)
• فهرست جدول‌ها (11)
• مقدمه (15)
  • ساختار رساله (18)
• سرطان (19)
  • پیدایش سرطان (19)
    • جهش (20)
  • رشد سرطان (20)
  • ناهمگونی در سرطان (21)
  • انواع سرطان (22)
  • روش‌های درمانی سرطان (22)
    • جراحی (23)
    • پرتودرمانی (23)
    • شیمی درمانی (23)
    • ایمنی درمانی (24)
    • درمان شخصی سازی شده (25)
  • سرطان به عنوان یک بیماری کلونال (25)
  • تکامل سرطان (25)
  • تنوع در سرطان و علل تکامل سرطان (26)
  • سرطان پروستات (26)
  • سرطان و فرآیند تکاملی (27)
    • فرآیند تکاملی (27)
    • سرطان به عنوان یک فرآیند تکاملی (28)
    • تحول سرطان (28)
  • ریز محیط و اثرات آن بر سرطان (29)
  • پراکندگی سرطان (31)
  • علل اهمیت ریزمحیط، تنوع، پراکندگی و رشد مکانی سرطان (32)
• پیشینه پژوهش (34)
  • بررسی به صورت آماری و زیستی (34)
    • بررسی ناهمگونی داخل تومور در سرطان پروستات (35)
    • بررسی ناهمگونی داخل تومور در سرطان پروستات به صورت فضایی به صورت دو بعدی (36)
    • بررسی ناهمگونی داخل تومور در سرطان پروستات به صورت فضایی به صورت سه بعدی با استفاده از فناوری رونوشت مکانی (38)
    • بررسی ناهمگونی داخل تومور در سرطان به صورت فضایی با توجه به دسترسی به مواد مغذی (39)
    • بررسی جهش‌ها به صورت فضایی و آماری (40)
    • تجزیه و تحلیل اطلاعات با کمک تعداد خوانش بالا (42)
  • بررسی به کمک مدل‌های ریاضی (43)
    • مدل‌های معادلات دیفرانسیلی (43)
    • مدل‌های تصادفی (43)
    • مدل‌های ترکیبی (43)
    • بررسی سرطان به عنوان یک پدیده ‌فرکتالی (44)
  • بررسی شباهت شکل‌های هندسی (45)
    • مشخص کردن شباهت اشکال دوبعدی و کاربرد آن در علوم زیستی (45)
    • مقایسه توزیع شکل با استفاده از فاصله کرنل (46)
    • اندازه گیری شباهت در بین اشکال مختلف بر اساس تطابق هندسی (46)
• پژوهش و نتایج (47)
  • روش استخراج اطلاعات زیستی (بیان ژن) (48)
    • جمع آوری و تهیه بافت سرطان پروستات (48)
    • شمارش ژن‌ها (48)
    • روش رونوشت مکانی (48)
      • تولید و استفاده از آرایه‌های بارکد شده به صورت مکانی (49)
      • تراز توالی و تولید پایگاه داده بیان ژن (49)
      • مقایسه کتابخانه‌ها و ویژگی‌ها (50)
      • مقایسه به دست آوردن داده‌های بیان ژن توسط روش رونوشت مکانی در مقایسه با پایگاه داده‌ی ISH (هیبریداسیون درجا) (51)
  • بررسی بیان ژن در سرطان پروستات (52)
  • گردآوری تصاویر بیان ژن به صورت مکانی و انتخاب نمونه‌های مورد نظر (56)
  • آنالیز مقدار بیان ژن‌ها با توجه به بیان ژن فضایی در ناحیه سرطانی و در نواحی نرمال به صورت دودویی و میزان فراوانی (60)
    • روش و مراحل آنالیز مقدار بیان ژن‌ها به صورت دودویی و میزان فراوانی (60)
    • نتایج آنالیز (64)
      • به دست آوردن ژن‌هایی که در بیان ژن اختلاف قابل توجهی بین ناحیه سرطانی و نرمال دارند (ژن‌های مهم) (66)
    • آزمون ویلکاکسون رتبه علامت دار (68)
      • الگوریتم اجرای آزمون ویلکاکسون رتبه علامت دار (68)
      • تفسیر نتایج آزمون ویلکاکسون رتبه علامت دار (69)
  • آنالیز پراکندگی ژن‌ها با توجه به بیان ژن فضایی در ناحیه سرطانی و در کل نمونه با توجه به فواصل بین ژن‌ها در بیان ژن (70)
    • روش و مراحل آنالیز (70)
      • رسم تصاویر مرجع (70)
      • مجموعه مندلبرو (77)
      • فرکتال برف دانه کخ (79)
      • آنالیز تصاویر ژن‌ها (82)
    • نتایج آنالیز پراکندگی (84)
      • نتایج آنالیز تصاویر مرجع (84)
      • نتایج آنالیز تصاویر ژن‌ها و مقایسه با تصاویر مرجع به صورت کلی (86)
      • مقایسه تصاویر مرجع با یکدیگر به کمک آزمون آماری ویلکاکسون (88)
      • مقایسه تصاویر مرجع با یکدیگر به کمک آزمون آماری کولوموگروف اسمرینوف (K-S) (89)
        • آزمون آماری کولوموگروف اسمرینوف (K-S) - دو نمونه‌ای (89)
        • مقایسه تصاویر مرجع با یکدیگر (90)
      • نتایج آنالیز تصاویر ژن‌ها و مقایسه با تصاویر مرجع به صورت جزئی (91)
      • الگویابی پراکندگی ژن‌ها به صورت کلی (93)
      • الگویابی پراکندگی ژن‌ها به صورت جزئی (97)
• بحث و نتیجه‌گیری (100)
  • تعیین بخش سرطانی (100)
  • الگویابی ژن‌ها (101)
  • کارهای آینده (102)
    • افزایش تعداد ژن‌های بررسی شده برای الگویابی پراکندگی ژن‌ها (102)
    • افزایش تعداد الگوهای بررسی شده برای الگویابی پراکندگی ژن‌ها (102)
    • افزایش تعداد نمونه‌ها برای بررسی (102)
    • بررسی بیشتر داده‌های تولید شده توسط روش رونوشت مکانی (102)
    • بررسی پراکندگی گسترش سرطان و بیان ژن به صورت سه بعدی (103)
    • بررسی مدل‌های گوناگون شبیه سازی رشد سرطان با نمونه‌های طبیعی (103)
    • بررسی ابعاد مکانی اکوسیستم تومور با کمک ابزارهای آماری آماده برای دیگر پدیده‌های طبیعی (103)
    • بهبود با استفاده از ترکیب موارد بالا (104)
• مراجع (105)