• فصل۱ (9)
• مقدمه (9)
  • ۱.۱ مفاهیم پایه (9)
    • ۱.۱.۱ مفاهیم زیستی (9)
    • ۱.۱.۲ مفاهیم مربوط به فناوری (10)
    • 1.1.3 مفاهیم مربوط به دانش کامپیوتر (11)
  • ۱.۲ تعریف مساله (11)
  • ۱.۳ اهمیت و کاربرد (11)
  • ۱.۴ چالش‌ها (12)
  • ۱.۵ معیار ارزیابی (13)
    • 1.5.1 اطلاعات متقابل تنظیم‌شده (13)
    • ۱.۵.۲ امتیاز همگنی (14)
    • ۱.۵.۳ امتیاز کامل بودن (14)
    • ۱.۵.۴ اندازه‌گیری V (14)
    • ۱.۵.۵ امتیاز فاکس مالو (14)
    • ۱.۵.۶ پی‌مقدار (14)
    • ۱.۵.۷ محاسبه‌ی دقت (15)
  • ۱.۶ ساختار پایان‌نامه (15)
• فصل ۲ (17)
• پژوهش‌های پیشین (17)
  • ۲.۱ روش‌های بدون استفاده از موقعیت مکانی (17)
  • ۲.۲ روش‌های با استفاده از موقعیت مکانی (18)
  • ۲.۳ جمع‌بندی (25)
• فصل ۳ (28)
• راهکار پیشنهادی (28)
  • ۳.۱ پیش‌پردازش (29)
  • ۳.۲ کاهش ابعاد (31)
    • ۳.۲.۱ روش تحلیل مولفه‌های اصلی (31)
    • ۳.۲.۲ روش UMAP (31)
    • ۳.۲.۳ روش خود‌کد‌گذار (32)
  • ۳.۳ ساخت گراف (33)
    • ۳.۳.۱ روش نزدیک‌ترین همسایه (33)
    • ۳.۳.۲ روش ساخت گراف به روش SNF (33)
    • ۳.۳.۳ روش ساخت گراف به روش مثلث‌بندی دیلانی (37)
  • ۳.۴ خوشه‌بندی راس‌های گراف (38)
• فصل ۴ (41)
• نتایج ارزیابی (41)
  • ۴.۱ معرفی داده‌های استفاده شده (41)
  • ۴.۲ بررسی روش پیشنهادی (42)
    • ۴.۲.۱ پیش‌پردازش (43)
    • ۴.۲.۲ کاهش ابعاد (44)
    • ۴.۲.۳ اطلاعات دخیل‌شده در روش پیشنهادی (45)
    • ۴.۲.۴ روش ساخت گراف (46)
  • ۴.۳ مقایسه مدل پیشنهادی با روش‌های پیشین (47)
    • ۴.۳.۱ استفاده از ژن‌های نشانگر (48)
    • ۴.۳.۲ میزان پراکندگی نتایج (50)
    • ۴.۳.۳ ارزیابی با معیار‌های دیگر (51)
    • ۴.۳.۴ تحلیل زیستی نتایج (54)
    • شباهت زیستی لایه‌ها (56)
    • ۴.۳.۵ مقایسه از نظر سرعت اجرا (59)
• فصل ۵ (60)
• جمع‌بندی و کار‌های آتی (60)
• مراجع (62)
• واژه‌نامه فارسی به انگلیسی (66)
• واژه‌نامه انگلیسی به فارسی (69)