• مقدمه (13)
  • تعریف مسئله (13)
  • اهمیت و کاربرد موضوع (14)
  • ویژگی‌های داده (15)
    • ابعاد بالای داده (16)
    • خطای فنی و پدیده ازقلم افتادگی (16)
    • ارتباط قوی میان ژن‌ها (17)
  • ساختار پایان‌نامه (17)
• مفاهیم اولیه (18)
  • مفاهیم زیستی (18)
    • دی‌ان‌ای (19)
    • آران‌ای و عمل رونویسی (20)
  • توالی‌یابی آران‌ای (21)
    • آماده‌سازی آران‌ای (22)
    • آماده‌سازی کتابخانه (23)
    • توالی‌یابی (24)
    • تجزیه و تحلیل داده توالی‌یابی (26)
  • توالی‌یابی آران‌ای در مقیاس تک سلول (26)
  • مرور مفاهیم ریاضیاتی (29)
    • خوشه‌بندی (29)
    • الگوریتم بیشینه‌سازی-امیدریاضی (29)
    • ماتریس همبستگی (30)
    • تخمین مرتبه‌ی پایین (31)
• کارهای پیشین (32)
  • دسته‌بندی روش‌های بازیابی مقادیر (33)
    • روش‌های مبتنی بر میانگین‌گیری (33)
    • روش‌های مبتنی بر رگرسیون (34)
    • روش‌های مبتنی بر شبکه‌های عصبی (34)
    • روش‌های مبتنی بر تجزیه‌ی ماتریسی (34)
  • جزئیات روش‌های پیشین (35)
    • روش MAGIC (35)
    • روش netSmooth (37)
    • روش scImpute (38)
    • روش SAVER (40)
    • روش ALRA (43)
    • روش DCA (44)
    • روش scGAIN (45)
  • جمع‌بندی (47)
• راهکار پیشنهادی (48)
  • ساختار کلی روش پیشنهادی (48)
  • شناسایی ویژگی‌ها (49)
    • پالایش و نرمال‌سازی داده اولیه (49)
    • پیدا کردن ژن‌های موثر در تفکیک داده (50)
    • پیدا کردن معادله‌ی مناسب جهت جداسازی ژن‌ها (53)
  • خوشه‌بندی (53)
    • بررسی فرکانس بیان ژن در گروه‌های سلولی (54)
    • تبدیل بیان ژن‌ها به حالت صفر و یک (55)
    • استفاده از بیشینه‌سازی-امیدریاضی برای خوشه‌بندی داده‌ها (56)
  • پرکردن مقادیر از قلم افتاده (59)
• ارزیابی (61)
  • معرفی داده‌‌های استفاده شده (61)
  • روش‌های ارزیابی (62)
    • بازیابی مقادیر از دست رفته (62)
    • بررسی فاصله‌ی خوشه‌ها (64)
    • بررسی عملکرد خوشه‌بندی (68)
    • بررسی زمانی (70)
• نتیجه‌گیری (72)
• مطالب تکمیلی (74)
  • تصاویر بخش ارزیابی فاصله‌ی خوشه‌ها (74)