• فصل مقدمه (11)
  • تعریف مسئله (11)
  • اهمیت موضوع (12)
  • رویکرد‌های استفاده‌شده برای بازتعریف دارو (12)
    • تطبیق امضا (13)
    • داکینگ مولکولی محاسباتی (13)
    • مطالعات هم‌خوانی سراسر ژنوم (13)
    • بر پایه‌ی مسیر و شبکه (14)
    • تحلیل بالینی پس‌نگر (14)
    • منابع جدید داده برای باز‌تعریف (14)
  • اهداف تحقیق (14)
  • ساختار پایان‌نامه (16)
• فصل مفاهیم اولیه (17)
  • خودکدگذار (17)
    • خودکدگذار چندحالته (18)
    • خودکدگذار تنک (19)
    • خودکدگذار حذف‌کننده‌ی نویز (21)
    • خودکدگذار تغییراتی (21)
  • شبکه‌ی پیچشی گراف (24)
  • مبدل (24)
    • مکانیزم توجه (25)
• فصل کار‌های پیشین (27)
  • روش DeepDTnet (28)
    • ساخت شبکه (28)
    • استخراج ویژگی (29)
    • پیش‌بینی ارتباط (31)
  • روش LAGCN (32)
    • ساخت شبکه (32)
    • استخراج ویژگی (34)
    • پیش‌بینی ارتباط (34)
  • روش AttGCN (36)
    • ساخت شبکه (36)
    • استخراج ویژگی (36)
    • پیش‌بینی ارتباط (37)
  • روش DeepDR (37)
    • ساخت شبکه (38)
    • استخراج ویژگی (39)
    • پیش‌بینی ارتباط (40)
  • روش HeTDR (43)
    • ساخت شبکه (43)
    • استخراج ویژگی (43)
    • پیش‌بینی ارتباط (47)
  • جمع‌بندی (50)
• فصل روش پیشنهادی (52)
  • ساخت شبکه (52)
    • Hetionet (53)
    • DRKG (54)
    • PrimeKG (54)
  • استخراج ویژگی (56)
    • شبکه‌ی مبدل گراف ناهمگن (58)
  • پیش‌بینی ارتباط (64)
• فصل ارزیابی (67)
  • دقت روش و مقایسه با سایر روش‌ها (67)
  • پیش‌بینی روابط جدید (70)
  • کاربرد‌های دیگر (71)
• فصل جمع‌بندی و کار‌های آتی (73)
  • جمع‌بندی (73)
  • کار‌های آتی (74)
• مراجع (75)
• واژه نامه انگلیسی به فارسی (84)
• واژه نامه فارسی به انگلیسی (89)