• مقدمه (14)
• گراف و شبکه‌های پیچیده (15)
  • نظریهٔ گراف (15)
  • شبکه‌های پیچیده (16)
    • شبکهٔ جهان‌کوچک و ضریب خوشگی (16)
    • ضریب خوشگی (18)
    • شبکه‌های بی‌مقیاس (20)
• منظرهٔ انرژی (22)
  • سطح انرژی سامانه‌های پیچیده (22)
  • توپولوژی سطح انرژی (24)
    • کاسه و همسایگی (24)
    • گراف اتصال (24)
  • گراف گسیختگی (25)
• شیشه (30)
  • گذار شیشه (30)
  • سطح انرژی پتانسیل در شیشه‌ها (34)
    • شبیه‌سازی‌های مادهٔ شیشه (34)
    • تفاوت شیشهٔ ضعیف و قوی (39)
• پروتئین و پپتید (41)
  • تناقض لوینتال (41)
    • شبیه‌سازی پیچش پروتئین (43)
    • آزمایشات پیچش پروتئین (43)
  • سطح انرژی آزاد (44)
    • منظرهٔ سطح انرژی آزاد با روش آزمایشگاهی (46)
    • توپولوژی سطح انرژی پروتئین (48)
• شیشه‌های اسپینی (49)
  • مدل آیزینگ (49)
  • شیشه‌های اسپینی (51)
  • مدل ادوارد اندرسون (51)
  • ناکامی در شیشهٔ اسپینی (52)
    • منشاء ناکامی در شیشه‌های اسپینی (53)
  • مدل انرژی تصادفی (56)
  • پروتئین و شیشه‌های اسپینی (57)
  • مدل سیناپتیک (59)
    • قانون یادگیری هب (59)
    • مدل شبکهٔ عصبی برای حافظه (60)
• منظرهٔ انرژی شیشه‌های اسپینی (65)
  • نحوهٔ پیدا کردن سطح انرژی (65)
    • محدودیت حافظهٔ کامپیوتر (65)
    • شرایط مرزی مارپیچی (66)
    • محاسبات چند اسپینی (67)
    • پیدا کردن کمینه‌ها و همسایگی (68)
  • خواص توپولوژیک سطح انرژی شیشهٔ اسپینی (69)
  • ضرایب جفت‌شدگی با توزیع یکنواخت (69)
    • ساختارهای ذاتی و کاسه‌های جاذب (69)
    • گراف اتصال (73)
    • محاسبات میدان متوسط (73)
    • اثر ناکامی در خواص توپولوژیک (75)
  • ضرایب جفت‌شدگی با قانون هب (78)
    • شبکهٔ اتصال جهان‌کوچک (79)
    • رفتار تعداد همسایه‌ها و عمق کاسه‌ها (83)
    • شباهت شیشهٔ تصادفی به شیشهٔ طرح‌دار (83)
    • میانگین کمیت‌های شبکه بر حسب تعداد طرح‌ها (88)
    • ماهیت تفاوت تعداد طرح زوج و فرد (91)
    • رشد تعداد کمینه‌های سطح (94)
  • بحث و نتیجه‌گیری (96)
    • پژوهش‌های پیشنهادی آینده (96)