• فهرست مطالب (5)
• فهرست تصاویر (8)
• فهرست جداول (10)
• مفاهیم اولیه (11)
  • مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک و زیست‌ٰشناسی مولکولی (11)
    • بیوانفورماتیک (11)
    • نظریه سلولی (12)
  • بر‌هم‌کنش پروتئین (18)
  • شبکه برهم‌‌کنش‌های پروتئین-پروتئین (20)
  • مسئله هم‌ترازی ‌شبکه‌ها (23)
    • دیدگاه محلی (25)
    • دیدگاه سراسری (26)
  • معیارهای کیفیت هم‌ترازی (26)
    • درستی یال (EC) (27)
    • درستی رأس (NC) (28)
    • درستی برهم‌کنش (IC) (28)
    • اندازه بزرگترین زیرگراف همبند مشترک (LCCS) (28)
    • ارزش آماری (29)
    • معیار‌های زیستی (29)
• معرفی الگوریتم‌های هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی (31)
  • مروری بر الگوریتم‌های پیشین هم‌ترازی (32)
  • الگوریتم ایزورنک (33)
    • مراحل الگوریتم (33)
    • ساخت ماتریس R (34)
    • محاسبه ماتریس R (35)
    • جستجوی حریصانه (37)
    • نتایج (37)
  • الگوریتم گرال (39)
    • مراحل الگوریتم (39)
    • محاسبه ماتریس C (39)
    • الگوریتم‌های جستجو (42)
    • پیچیدگی (45)
    • نتایج (45)
  • الگوریتم ام‌آی‌گرال (47)
    • مراحل الگوریتم (47)
    • محاسبه ماتریس C (48)
    • الگوریتم جستجو (51)
    • پیچیدگی (51)
    • نتایج (54)
• الگوریتمی جدید برای هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی (56)
  • الگوریتم نتال (56)
    • محاسبه ماتریس امتیاز شباهت (57)
    • محاسبه ماتریس امتیاز برهم‌کنش (59)
    • بدست آوردن هم‌ترازی (61)
  • پیچیدگی (63)
  • نتایج (64)
    • هم‌ترازی دو شبکه انسان و مخمر (64)
    • ارزش آماری هم‌ترازی شبکه‌های انسان و مخمر (66)
    • زمان اجرا (67)
• هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی با استفاده از پردازنده‌های چندهسته‌ای (71)
  • پردازش موازی (71)
    • پردازش خوشه‌ای (71)
    • معماری چند‌هسته‌ای (72)
    • پردازنده سل (73)
    • پردازنده‌های گرافیکی (73)
  • آشنایی با پردازنده‌های گرافیکی (73)
    • تفاوت‌های مهم سی‌پی‌یو و جی‌پی‌یو (74)
    • استفاده از قابلیت‌های جی‌پی‌یو در برنامه‌های کاربردی (75)
    • مدل برنامه‌نویسی کودا (76)
    • انواع مختلف حافظه در کودا (79)
    • برنامه‌نویسی ناهمگن (79)
  • هم‌ترازی سراسری شبکه‌های زیستی با استفاده از واحد پردازش گرافیکی (81)
    • تولید هم‌ترازی اولیه (81)
    • بهینه‌سازی هم‌ترازی سراسری (83)
  • پیاده‌سازی روی واحد پردازش گرافیکی (84)
    • طراحی داده‌ساختار‌ها (85)
    • تقسیم مسئله به چند زیرمسئله (88)
    • اجرای زیرمسئله در بلوک (89)
  • نتایج (90)
• نتیجه‌گیری و کارهای آینده (93)
• مراجع (94)
• واژه‌نامه فارسی به انگلیسی (97)
• واژه‌نامه انگلیسی به فارسی (99)