• فهرست (6)
• فصل اول- مقدمه (8)
  • 1-1 بررسی اهمیت موضوع (8)
  • 1-2 اهداف پژوهش (9)
  • 1-3 ساختار پایاننامه (9)
• فصل دوم - مفاهیم پایه (10)
  • 2-1 دینامیک مولکولی (10)
  • 2-2 ایجاد شرایط اولیه [4] (12)
    • 2-2-1 جایگاه اولیهی اتمها (12)
    • 2-2-2 سرعت اولیه [1و4] (14)
  • 2-3 پتانسیل های بین اتمی [1، 3 و 4] (15)
    • 2-3-1 پتانسیل لنارد-جونز (L-J) [1 و 4] (16)
    • 2-3-2 برهمکنشهای پیوندی [4] (18)
      • 2-3-2-1 کشش پیوندی (18)
      • 2-3-2-2 خمش زاویه ای (18)
      • 2-3-2-3 جمله های پیچشی (19)
    • 2-3-2 پتانسیل های اتم تعبیه شده (EAM) ([6]) (20)
    • 2-3-3 پتانسیل AIREBO [1و 7 و 8] (21)
  • 2-4- معادلات حرکت در دینامیک مولکولی [3] (22)
  • 2-5 نیروهای وارد بر یک سیستم اتمی [1، 3 و 4] (24)
  • 2-6 شرایط مرزی در مدل های اتمی [2و 3] (25)
  • 2-7 هنگرد های متداول در دینامیک مولکولی [1، 2، 3 و 4] (26)
    • 2-7-1 هنگرد میکروکانونیک (26)
    • 2-7-2 هنگرد کانونیک (27)
    • 2-7-3 هنگرد کانونی بزرگ [1] (27)
• فصل سوم- مرور ادبیات موضوعی (28)
  • 3-1 انواع فرآیندهای تماسی در مقیاس نانو (28)
  • 3-2 کاربرد شبیه سازیهای اتمی در مدلسازی فرآیندهایتماسی در مقیاس نانو (29)
    • 3-2-1 بررسی نانومنیپیولیشن در دو حوزهی آزمایشگاهی و مدلسازی عددی (29)
    • 3-2-2- شبیهسازیهای دینامیک مولکولی در مدلسازی فرآیندهای میکروسکوپ نیروی اتمی (34)
• فصل چهارم – معرفی نرمافزارهای LAMMPS و VMD (37)
  • 4-1 LAMMPS (37)
  • 4-2 VMD [36] (39)
• فصل پنجم – نرم افزار دینامیک مولکولی CEDRA (CEDRA MD Software ) (40)
  • 5-1 مقدمه (40)
  • 5-2 بستههای نرمافزاری مورد نیاز (41)
  • 5-3 – ورود به نرم افزار (41)
    • 5-3-1 صفحه خوشآمد گویی (42)
    • 5-3-2 تعیین نوع مواد و هندسهی آنها (43)
      • 5-3-2 – 1 تولید غشای سلولی (44)
      • 5-3-2– 2 انتخاب فلزات (48)
      • 5-3-2 – 3 الماس (52)
      • 5-3-2 – 4 ایجاد نانولوله کربنی (52)
• / (54)
• شکل 5-13- الف) بردار مبنای چرخش صفحه گرافین برای ایجاد نانولوله کربنی با ساختارهای اتمی متفاوت ب) نانولوله کربنی زیگزاگ (ج) نانولوله کربنی آرمچیر (54)
  • شکل 5-13- الف) بردار مبنای چرخش صفحه گرافین برای ایجاد نانولوله کربنی با ساختارهای اتمی متفاوت ب) نانولوله کربنی زیگزاگ (ج) نانولوله کربنی آرمچیر (54)
    • شکل 5-13- الف) بردار مبنای چرخش صفحه گرافین برای ایجاد نانولوله کربنی با ساختارهای اتمی متفاوت ب) نانولوله کربنی زیگزاگ (ج) نانولوله کربنی آرمچیر (54)
      • 5-3-2 –5 انتخاب PSF/PDB (55)
      • 5-3-2 –6 انتخاب data file (56)
    • 5-3-3 مشخص کردن گروهها (57)
    • 5-3-4 تعیین هنگردها و قیود نیرویی، جابجایی (58)
    • 5-3-5 تنظیم پارامترهای نهایی و تعیین خروجی های مطلوب (64)
• فصل ششم- حل مسائل نمونه (71)
  • 6-1- مقدمه (71)
  • 6-2 مدل سازی نانومنیپیولیشن (71)
  • 6-3 نفوذ نانولوله کربنی در غشای سلولی (80)
  • 6-4 شبیه سازی نفوذ نانولوله بر مجموعه غشا و پروتئین غشایی (84)
• فصل هفتم- نتیجه گیری (86)
  • 7-1- جمع بندی (86)
  • 7-2 پیشنهاد پژوهشی برای آینده (87)
• منابع (88)
• پیوست (90)
  • 1 مقدمه (90)
  • 2 نفوذ نانولوله کربنی در غشای سلولی (90)
  • 3 شبیه سازی نفوذ به صورت عمودی (91)
  • 4 مقایسه سه مثال مختلف در شبیهسازی نفوذ نانولوله به درون غشا (98)
  • 5 بررسی نفوذ نانولوله ها با زاویهی غیر صفر با محور z ها (107)
  • 6 بررسی نفوذ در یک غشا به همراه تعداد کافی مولکولهای آب (113)
  • 7 شبیه سازی نفوذ نانولوله بر مجموعه غشا و پروتئین غشایی (117)
• 42290-PEYVAST.pdf
  • تدوین واسط کاربر نرمافزار LAMMPS برای اهداف نانومکانیک محاسباتی (122)
  • (CEDRA Molecular Dynamics Software) (122)
  • علیرضا طاهری1، سید حنیف محبوبی2، علی مقداری3 (122)
  • 1دانشجوی کارشناسی ارشد مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف، taheri@mech.sharif.ir (122)
  • 2 دکتری در مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف، mahboobi@sharif.ir (122)
  • 3 استاد تمام، دکتری در مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف، meghdari@sharif.ir (122)
  • / (125)
  • شکل 7- الف) بردار مبنای چرخش صفحه گرافین ب) نانولوله کربنی زیگزاگ (ج) نانولوله کربنی آرمچیر (125)