• مقدمه (10)
  • غشاء بیولوژیک (10)
    • لیپیدها (12)
    • پروتئین‌های غشائی (18)
  • برهمکنش پروتئین‌های غشائی (20)
    • اهمیت برهمکنش پروتئین‌های غشائی (20)
    • پژوهش‌های پیشین در زمینهٔ برهمکنش پروتئین‌های غشائی (23)
  • شبیه سازی غشاء بیولوژیک (28)
    • مدل‌های تمام اتمی (28)
    • مدلهای پدیدار شناختی (28)
    • مدل‌های درشت دانه (29)
• روش ها (36)
  • شبیه سازی دینامیک ملکولی (37)
    • مقدار دهی اولیه (38)
    • شرایط مرزی (39)
    • محاسبه‌ی نیروها (39)
    • روش‌های انتگرل گیری (40)
    • شبیه سازی در آنسامبل‌های مختلف (42)
  • استخراج خواص ترمودینامیکی از شبیه سازی (45)
    • کشش سطحی (45)
    • تراکم پذیری (47)
    • پتانسیل نیروی مؤثر (48)
  • نمونه گیری چتری (50)
    • الگوریتم وَم (53)
    • نمونه گیری (54)
    • محاسبه‌ی خطا (55)
  • نرم افزار لَمپس (58)
• مدل (60)
  • مدل دانه درشت (60)
    • مدل دانه درشت آب (61)
    • مدل دانه درشت لیپید (61)
    • مدل دانه درشت پروتئین (62)
  • برهمکنش ها (63)
    • برهمکنش های درون ملکولی (63)
    • برهمکنش های برون ملکولی (63)
    • پارامترها (64)
  • مشخصات آنسامبل (68)
  • دولایه (68)
  • وسیکل (72)
  • محاسبه برهمکنش بین پروتئین ها روی وسیکل (74)
• نتایج (78)
  • دولایه (78)
    • توزیع چگالی ذرات (78)
    • فشار جانبی (79)
  • وسیکل (82)
    • توزیع چگالی ذرات (87)
  • بررسی برهمکنش پروتئین ها روی وسیکل (89)
    • پتانسیل نیروی مؤثر بین پروتئین‌های روی وسیکل (89)
    • مقایسهٔ برهمکنش پروتئین‌ها روی دولایهٔ تخت و وسیکل (95)
    • بررسی اثر میزان انحنای دولایه در برهمکنش بین پروتئین‌ها (98)
  • جمع‌بندی (101)
• ترموستات (104)
• طول همبستگی (108)
• تحول زمانی زاویهٔ بین پروتئین‌ها (112)
• کُدها (118)
  • شبیه‌سازی دولایه (118)
  • شبیه‌سازی وسیکل (125)
  • بررسی برهمکنش پروتئین‌ها روی وسیکل (130)