• 1 مقدمه (14)
  • 1-1 غشای خارجی سلول (16)
  • 1-2 سیتوپلاسم۱ و اسکلت سلولی (18)
  • 1-3 غشای هسته۱ (22)
  • 1-4 فیبرهای کروماتینی۲ (22)
  • 1-5 سلول بنیادی در آزمایشگاه: (23)
  • 1-6 هدف تحقیق و اجزا ی آن (27)
• 2 غشای سلولی و مدل سازی آن (28)
  • 2-1 فیزیک غشاهای بیولوژیک (28)
  • 2-2 مدل های فیزیکی برای غشا: (30)
  • 2-3 مدل غشای مثلث بندی شده2 (31)
• 3 شبیه سازی مایع به کمک مدل برخورد بس ذره ای۱(MPCD) (38)
  • 3-1 عناصر مدل (38)
    • 3-1-1 مرحله ی صفرم: شبکه بندی فضا (39)
    • 3-1-2 مرحله‌ی اول: شارش به کمک انتگرال گیری سرعت ذرات (streaming) (40)
    • 3-1-3 مرحله‌ی سوم: جستجوی ذرات هر المان(searching) (40)
    • 3-1-4 مرحله‌ی چهارم: انتقال شبکه به صورت تصادفی (random shift) (40)
    • 3-1-5 مرحله‌ی پنجم: برخورد (collision) (41)
    • 3-1-6 اعمال ترموستات مقیاسی (42)
    • 3-1-7 شرایط مرزی (43)
    • 3-1-8 برهم کنش غشا و مایع MPCD (44)
  • 3-2 نمونه شبیه سازی به کمک MPCD (47)
• 4 شبیه سازی اسکلت سلولی به کمک مدل ویسکوالاستیک (49)
  • 4-1 مقدمه (49)
  • 4-2 مدل سازی فیزیکی ماده ی ویسکوالاستیک: (50)
    • 4-2-1 مدل ماکسول: (51)
    • 4-2-2 مدل ویج: (53)
  • 4-3 آزمایشات رئولوژی در سلول ها و انتخاب مدل مناسب برای رئولوژی سلول (56)
  • 4-4 تبدیل مدل ویسکوالاستیک به مدلی اجرایی برای شبیه سازی (60)
• 5 مدل سازی فیبرهای کروماتینی (63)
  • 5-1 معرفی فیبرهای کروماتینی (63)
  • 5-2 مدل سازی فیبرهای کروماتینی (65)
  • 5-3 آماده سازی کروماتین ها برای قرار گیری در هسته (67)
  • 5-4 برهم کنش کروماتینها و غشا (68)
• 6 ماتریس برون یاخته ای یا ۱ECM (69)
  • 6-1 مدل سازی ماتریس برون یاخته ای (69)
  • 6-2 بر هم کنش منفعلانه ی ECM و غشا (70)
  • 6-3 برهم کنش فعالانه ی ECM و غشا (73)
• 7 شبیه سازی و نتایج (74)
  • 7-1 قرار دادن سلول روی سطوح با سختی های متفاوت و بررسی همبستگی شکل هسته و سلول: (74)
  • 7-2 بررسی عدم تشابه فیبرهای کروماتینی روی سطوح با سختی های متفاوت: (79)
  • 7-3 بررسی شکل سلول و هسته روی سطوح چسبنده با ابعاد متفاوت: (81)
  • 7-4 بررسی شکل هسته در سطوح شیار دار با عمق‌های متفاوت (83)
• خلاصه و نتیجه گیری (86)
• پیشنهادهایی برای کارهای آینده (86)
• منابع و مآخذ (88)
• پیوست ها (91)