• پیشگفتار (22)
• مقدمه‌ای بر مولکول DNA (24)
  • ساختار مولکول DNA (24)
  • زیست شناسی مولکول DNA (29)
• کشسانی مولکول DNA (46)
  • مدل میله‌ی کشسان (46)
  • مدل زنجیره‌ی کرمی شکل و طول پایسته‌ی DNA (49)
  • سختی پیچشیِ مولکول DNA (71)
  • ناهمسانگردی در ساختار DNA (77)
  • عدم تقارن در ساختار DNA و احتمال وجود شکستگی در آن (80)
  • دو آزمایش مهم در تعیین رفتار کشسانی DNA در حالت مقید (86)
• مدل درشت دانه برای توصیف DNA و روش شبیه سازی مونته کارلو (107)
  • مدل درشت دانه‌ی DNA در حد جفت باز (107)
  • روش شبیه سازی مونته کارلو (112)
  • روش نمونه برداری چتری (124)
  • روش محاسبه‌ی تابخوردگی در شبیه سازی مونته کارلو (128)
• رفتار غیر عادی مولکول DNA در طول‌های کوتاه و احتمال حلقه شدنِ آن (133)
  • مقدمه (133)
  • ارائه‌ی مدل و روش محاسبه‌ی احتمال حلقه شدن (135)
  • شبیه سازی مونته کارلو و روش نمونه برداری چتری برای محاسبه‌ی تابع توزیع‌های سربه‌سر (138)
  • مقایسه‌ی خواص کشسانی دو مدل در طول‌های بلند (139)
  • تابع توزیع زاویه‌ی خمش و انرژی خمشی موثر (140)
  • وجود خمش‌های شدید و شکستگی در پیکربندی مدل (141)
  • تابع توزیع فاصله‌ی سربه‌سر (142)
  • تابع توزیع زاویه‌ی سربه‌سر در شرایط r=0 (144)
  • محاسبه‌ی احتمال حلقه شدن DNA ‌و مقایسه‌ی آن با داده‌های تجربی (146)
• ناهمسانگردی در خمش DNA عامل سخت‌تر شدن آن در دو بعد (149)
  • مقدمه (149)
  • مدل ناهمسانگرد (152)
  • خواص کشسانی زنجیره‌ی ناهمسانگرد دو بعدی در طول‌های بلند (159)
  • خواص کشسانی زنجیره‌ی ناهمسانگرد دو بعدی در طول‌های کوتاه (166)
  • محاسبه‌ی تاثیر خمش ناهمسانگرد بر طول پایسته‌ی DNA در دو بعد (169)
• ساختار‌های شاخه شاخه شده‌ی ابرپیچه‌های DNA (171)
  • مقدمه (171)
  • ارائه مدل تئوری برای محاسبه‌ی ویژگی‌های ساختاری ابرپیچه‌های شاخه شاخه شده (175)
  • شبیه سازی مونته کارلوی ابرپیچه‌ی DNA (177)
  • مقایسه‌ی نتایج مدل تئوری و شبیه سازی (179)
• جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (182)
• نگاهی به آینده (185)
• کتاب‌نامه (186)