• شایان ذکر است، اینجانب در دوره تحصیل خود در دانشگاه صنعتی شریف افتخار شاگردی اساتید بزرگوار شیمی آلی ایران شامل جناب آقای دکتر فتاحی، جناب آقای دکتر مطلوبی، جناب آقای دکتر پورجوادی، جناب آقای دکتر هاشمی و مرحوم دکتر سعیدی را داشتم، که رسیدن به این مرح... (4)
• چکیده (6)
• چکیده ‌ه (8)
• فهرست جدول‌ها م (8)
• فهرست تصویرها ‌س (8)
• فهرست نمودارها ‌ث (8)
• فهرست معادلات ‌ظ (8)
• فهرست شماها ‌د‌د (8)
• فصل1 طراحی منطقی دارو 1 (8)
• 1-مقدمه: 1 (8)
• 2-1- انتخاب هدف دارویی 2 (8)
• 1-2-1- هدف های دارویی 2 (8)
• 1- 2- 2- شناسایی دقیق گیرنده داروها 3 (8)
• 1- 2- 3- عملکرد انتخابی دارو در برابر آنزیم های مشترک بین انسان و سایر گونه ها مانند میکروارگانیسم ها 1 (8)
• 1- 2- 4- گزینش پذیری داروی طراحی شده برای مهار یک گیرنده خاص در بدن انسان 2 (8)
• 1- 2- 5- مورد هدف قرار دادن آنزیم خاص در یک بافت خاص 2 (8)
• 1- 2- 6 – ضرورت طراحی چند دارو برای یک بیماری 3 (8)
• 1- 3- مروری بر شروع استفاده از رایانه ها در بررسی ساختارهای شیمیایی با استفاده از نظریه گراف 4 (8)
• 1-3-1- نمایش ساختارهای مولکولی و پردازش آنها توسط رایانه ها ( زبان ماشین ها) 5 (8)
• 1- 3- 2- شباهت بین لیگاندهای طراحی شده و لیگاند مرجع 8 (8)
• 1- 3- 2- 1- شباهت در ویژگی های فیزیکی بین لیگاند طراحی شده و داروهای موجود 8 (8)
• 1- 3- 2- 2- جذب لیگاند توسط گیرنده 9 (8)
• 1- 3- 2- 3- شباهت در میزان حلالیت داروی اصلی و داروی طراحی شده جدید 11 (8)
• فصل1 نقش دینامیک مولکولی و روش های مرتبط در کشف طراحی دارو 14 (8)
• 1- 4- مقدمه دینامیک مولکولی: 15 (8)
• 1- 4- 2- دینامیک مولکولی با پتانسیل 17 (8)
• 4-1- 4- معرفی شعاع قطع و اهمیت استفاده از آن 27 (8)
• 1- 5- علت و ضرورت وجود میدان نیرو در شبیه سازی های دینامیک مولکولی 29 (8)
• 6-1- برهم‌کنش های غیر پیوندی 30 (8)
• 1-6-1- روش های محاسباتی برای محاسبه سهم های مختلف انرژی پتانسیل 30 (8)
• 1-6-2- جمله های لنارد جونز 31 (9)
• 1- 6- 3- پتانسیل باکینگهام 33 (9)
• 1- 6- 4- برهم‌کنش های کولمبی 35 (9)
• 1- 6- 5- برهم‌کنش کولمب در حضور میدان خارجی 36 (9)
• 1- 6- 6- علل اصلاح معدلات پتانسیل بر هم کنش های غیر پیوندی چیست؟ 36 (9)
• 1- 6- 7- برهم‌کنش های کوتاه برد اصلاح شده با روش اوالد 37 (9)
• 1- 7- برهم‌کنش های پیوندی 37 (9)
• 1- 7- 1- کشش پیوندی 38 (9)
• 1- 7- 3- پتانسیل مربوط به تغییرات زوایای بین صفحه ای 40 (9)
• 1- 7- 4- چرخش های نا متعارف 42 (9)
• 8-1- محدودیت ها 43 (9)
• 1- 8- 1- محدودیت های مکانی 43 (9)
• 1- 8- 2- محدودیت های زاویه ای 44 (9)
• 1- 8- 3- محدودیت های تغییر زوایای بین صفحه ای 44 (9)
• 1- 8- 4- محدودیت های فاصله 45 (9)
• 1- 9- میانگین زمانی 46 (9)
• 1- 10- کوپل های به کار رفته در شبیه سازی های دینامیک مولکولی 47 (9)
• 1- 10- 1- کوپل دما 47 (9)
• 1- 10- 1-1- جفت گرمایی برندسن 48 (9)
• 1- 10- 1- 2- جفت گرمایی نوزهوور 49 (9)
• 1- 10- 1- 3- جفت گرمایی برای یک گروه خاص 51 (9)
• 1- 10- 2- کوپل فشار 51 (9)
• 1- 10- 2- 1- کوپل فشاری برندسن 51 (9)
• 1- 11- 2- الگوریتم لینک 53 (9)
• 1- 12- مقدمه مختصر محاسبات مکانیک کوانتومی 53 (9)
• فصل 2 طراحی مایعات یونی مبتنی بر گروه کربوکسیلات حاوی گروه های OH و CF3 تأثیر شبکه های پیوند هیدروژنی درون‌مولکولی و اثر القایی آن‌ها بر انرژی اتصال بین کاتیون و آنیون در مایعات یونی و طراحی داروهای ضد‌سرطان برای مهار آنزیم پلیمراز بر مبنای شبکه های... (9)
• 2-1- مقدمه مایعات یونی 69 (9)
• 2-2- بررسی فرایند پژوهش 69 (9)
• 2- 3- تجزیه تحلیل نتایج 71 (9)
• 2- 3- 1- تجزیه و تحلیل ساختارهای بهینه شده مایعات یونی طراحی شده بر اساس ساختارهای آنیونی پلی اُلی 71 (9)
• 2-3-2- بررسی اثرات هویت گروه آلکیل متصل به ساختار ایمیدازولیوم بر انرژی انسجام شبکه های بلوری در مایعات یونی 78 (9)
• 2- 3-3- بررسی اثرات هویت گروه آلکیل متصل به ساختار آنیون‌ها در مایعات یونی بر انرژی انسجام شبکه های بلوری در مایعات یونی 81 (9)
• 4-3-2- تجزیه و تحلیل هندسی مایعات یونی طراحی شده بر اساس آنیون‌های دارای گروه های پلی فلوئوروآلکیل 85 (10)
• 2- 3- 5- تجزیه و تحلیل هندسی ساختار مایعات یونی طراحی شده حاوی هر دو گروه CF3 و OH 90 (10)
• 2- 3- 6- اعتبار سنجی روش محاسباتی حاضر6-311++G (d, p)، در پیش بینی موفقیت آمیز خواص مایعات یونی طراحی شده 100 (10)
• 2- 3- 7- نتیجه گیری: 103 (10)
• فصل 2 طراحی مایعات یونی مبتنی بر گروه کربوکسیلات حاوی گروه های OH و CF3 تأثیر شبکه های پیوند هیدروژنی درون‌مولکولی و اثر القایی آن‌ها بر انرژی اتصال بین کاتیون و آنیون در مایعات یونی و طراحی داروهای ضد‌سرطان برای مهار آنزیم پلیمراز بر مبنای شبکه های ... (10)
• 2- 4- مقدمه: 106 (10)
• 5-2- روش و فرایند پژوهش: 111 (10)
• 6-2-محاسبه ضریب تقسیم مولکول‌های دارویی در حلال های آب و 1-اکتانول: 118 (10)
• 7-2- جستجوی جایگاه فعال پروتئین و DNAبرای مواد دارویی: 122 (10)
• 8-2- تجزیه و تحلیل نتایج به‌دست آمده از شبیه سازی دینامیک مولکولی 124 (10)
• 2- 8- 1- مقایسه اثر مهارکنندگی گیرنده ها توسط دو داروی طراحی شده (UNK4) و اصلی (CNP) 124 (10)
• 9-2- انرژی اتصال UNK4 و CNP و گیرنده (DNA و پلیمراز η) با در نظر گرفتن روش مکانیک مولکولی (MM/ PBSA) 138 (10)
• 2- 10- ارزیابی اعتبار محاسبات نظری ما با توجه به داده های تجربی 140 (10)
• 2- 11- نتیجه گیری: 143 (10)
• فصل 3 طراحی محاسباتی داروهای ضد سرطان جدید با واحدهای سازنده آمینواسید و کربوهیدرات برای مهار 1-PIM کاینازها 144 (10)
• 1-3- مقدمه 145 (10)
• 2-3- روش و مطالعه های محاسباتی 148 (10)
• 1-2-3- داکینگ مولکولی و بهینه سازی ساختارهای پیشنهادی داروهای ضد سرطان بر اساس ترکیبات طبیعی 148 (10)
• 3- 2-2- اهمیت بررسی حلالیت داروهای جدید طراحی شده در بافت چربی و آب 155 (10)
• 3-3- شبیه سازی دینامیک مولکولی 155 (10)
• 4-3- تجزیه و تحلیل نتایج 156 (10)
• 3- 4- 1- مقایسه اثر مهارکنندگی UNK4 با DBC بر 1-PIM کایناز 156 (10)
• 3- 4- 2- محاسبه MM / PBSA برای کمپلکس گیرنده (1-PIM کایناز) و لیگاندهای UNK4و DBC 164 (10)
• 5-3- اعتبار سنجی مطالعه های نظری از طریق داده های تجربی گزارش شده 165 (10)
• 7-3- نتیجه گیری: 173 (10)
• فصل 4 اتخاذ روش‌های شیمی محاسباتی برای طراحی مایعات یونی فعال دارویی جدید، و یافتن ارتباط بین مطالعه های مکانیک کوانتومی و شبیه سازی های دینامیک مولکولی 174 (10)
• 1-4- مقدمه: 175 (11)
• 3-4- تجزیه و تحلیل ساختارهای مایعات یونی دارویی مبتنی بر 1-بوتیل-3-متیل ایمیدازولیوم 178 (11)
• 4-4- تجزیه و تحلیل ساختارهای مایعات یونی دارویی مبتنی بر N- D – (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم] 185 (11)
• 4- 5- شبیه سازی دینامیک مولکولی مایعات یونی 194 (11)
• 4- 6- تجزیه و تحلیل نتایج شبیه سازی مایعات یونی دارویی 194 (11)
• 4- 6-1- نتایج شبیه سازی 1-بوتیل-3- متیل ایمیدازولیوم- 2- (4-ایزوبوتیل فنیل) پروپانوات 194 (11)
• 4- 6-2- تجزیه و تحلیل شبیه سازی 1- بوتیل -3- متیل ایمیدازولیوم- 2- هیدروکسی بنزوآت 196 (11)
• 4- 6-3- تجزیه و تحلیل شبیه سازی 1- بوتیل -3- متیل ایمیدازولیوم- 2- (2-فلورو- [1،'1-بیفنیل] -4-ایل) پروپانوات 198 (11)
• 4- 6-4- تجزیه و تحلیل شبیه سازی 1- بوتیل -3- متیل ایمیدازولیوم- 1-اتیل-7-متیل-4-اوکسو-4،1-دی هیدرو-8،1-نفتیریدین-3-کربوکسیلات 200 (11)
• 4- 6- 5- بررسی شبیه سازی دینامیک مولکولی ساختار 1- بوتیل -3- متیل- ایمیدازولیوم- 6-متیل 4- اکسو-4 H-3،2،1 – اکساتیازین 3- اید – 2،2- دی اکسید 202 (11)
• 4- 6-6- نتایج شبیه سازی N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]- 2- (4-ایزوبوتیل فنیل) پروپانوآت 204 (11)
• 4- 6- 7- نتایج شبیه سازی N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]-2- هیدروکسی بنزوآت 207 (11)
• 4- 6- 8- نتایج شبیه سازی N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]- 2- (2-فلورو- [1،'1-بیفنیل] -4-ایل) پروپانوآت 210 (11)
• 4- 6- 9- N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]-1-اتیل-7-متیل-4-اوکسو-4،1-دی هیدرو-8،1-نفتیریدین-3-کربوکسیلات 212 (11)
• 4- 6- 10- بررسی شبیه سازی دینامیک مولکولی ساختار N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]- 6-متیل 4- اکسو-4 H-3،2،1 – اکساتیازین 3- اید – 2،2- دی اکسید 217 (11)
• 4- 6- 11- پیدا کردن رابطه ریاضی بین شبیه سازی دینامیک مولکولی و محاسبات مکانیک کوانتومی 223 (11)
• 7-4- بررسی برهم‌کنش مایعات یونی دارویی شناخته شده و مایعات یونی دارویی طراحی شده با غشای سلولی 230 (11)
• 4- 8- اعتبار سنجی روش های محاسباتی استفاده شده در این پژوهش 236 (11)
• 4- 9- نتیجه گیری 239 (11)
• فصل 5 طراحی روش های سنتز و تثبیت لیگاندهای نیتروژنی از جمله پیریدین بر بستر نانو ذرات سیلیکای متخلخل 240 (11)
• 5- 1- 5- سایر کاربردهای نانو ذرات سیلیکا: 245 (11)
• 5- 1- 6- بررسی واکنش های مختلف آلی انجام شده با استفاده از(SBA-15) حاوی گروه های عاملی مختلف : 245 (11)
• 5- 2- سنتزترکیبات حاوی حلقه های پیریدین و کاربرد آن‌ها در شیمی دارویی 246 (11)
• 5- 3- بیان اهداف پژوهش : 248 (11)
• 5- 3- 1- سنتز لیگاندهای جدید نیتروژن دار و نشاندن آن‌ها بر روی سطح سیلیکای متخلخل به منظور سنتز نانو کاتالیزگرها : 248 (11)
• 5- 3- 2-تهیه نمونه ای از نانو کاتالیزگر بر پایه سیلیکای متخلخل 248 (11)
• 5- 3- 3- بررسی های جذب اتمی Cu@ Fe3O4@SBA15 249 (12)
• 5- 3- 4-دستگاه ها وموادشیمیایی مورد استفاده : 250 (12)
• 5- 3- 5- روش آزمایش ( سنتز بنزوکسازول ها) 250 (12)
• 5- 4- تثبیت لیگاند نیتروژن دار بر سطح SBA-15 255 (12)
• 5- 4- 1- سنتز SBA-15@APTES 255 (12)
• 5- 4- 2- خشک کردن تولوئن 255 (12)
• 5- 4- 3- تثبیت لیگاند نیتروژنی بر سطح SBA-15@APTES 255 (12)
• 5- 4- 5- نشاندن Pd بر سطح کاتالیزگر مرحله قبل که با گروه پیریدین عامل دار شده است 256 (12)
• 5- 4- 6- بررسی شرایط بهینه واکنش جفت شدن هیدرازین و بنزونیتریل در حضور کاتالیزگر Pd@ SBA15@APTES@Py 257 (12)
• 5- 4- 7- مشتق های مختلف ساختار بنزوفنون 258 (12)
• 5- 4- 8- 1- ساز وکار پیشنهادی برای واکنش تشکیل مشتق های ساختار بنزوفنون 260 (12)
• 5-4-1- 2 - بررسی های جذب اتمی 262 (12)
• 5- 4- 9- بازیابی کاتالیزگر در محیط واکنش 262 (12)
• 5-6- سنتز کاتالیزگر Cu@SBA-15@APTES@Py 265 (12)
• 5- 7- بررسی جذب اتمی Cu@SBA-15@APTES@Py 265 (12)
• 5- 8- بررسی عملکرد کاتالیزگر Cu@SBA-15@APTES@Py در سنتز ترکیبات 1, 2, 4-تری آزولو [1, 5- a ] پیریدین 265 (12)
• 5- 9- محاسبات مربوط به TGA : 269 (12)
• 5- 10- بررسی های FT-IR 270 (12)
• 5- 11- نتیجه گیری 271 (12)
• منابع یا مراجع 339 (12)
• پیوست1 بررسی میدآن‌های نیروی استفاده شده در شبیه سازی های دینامیک مولکولی با استفاده از روش شبیه سازی چتری 356 (12)
• پ- 1- مقدمه: 357 (12)
• پ-1-1- معرفی مختصر پادتن ها و نانوبادی ها 357 (12)
• پ-1-1- 2-1- منشأ نانوبادی ها: 359 (12)
• پ-1-1- 3-1- کاربردهای درمانی نانو بادی ها: 360 (12)
• پ - 1- 2-اهداف پژوهش حاضر 362 (12)
• پ-1- 3- روش های محاسباتی بهبود یافته برای محاسبات انرژی 363 (12)
• پ-1- 3- 1- متغیرهای جمعی 363 (12)
• پ-1- 3- 2- توضیح مختصر نظریه روش نمونه گیری چتری 368 (12)
• پ-1-4 روش های محاسباتی 369 (12)
• پ-1-4-1- مراحل پژوهش به صورت مجزا: 369 (12)
• پ 1-5-5 ) توضیحات اینکه چرا در اکثر شبیه سازی های انجام شده از میدان های نیرو موسوم به گروموس استفاده شده است. 387 (12)
• پ 1-5-6 ) دلیل استفاده از روش MMPBSA در بسیاری از بخش های مطالعاتی در این پایان نامه 387 (13)
• پیوست2 بررسی برخی از مفاهیم مقدماتی سازوکارهای برهم کنش‌های شیمیایی در پایان نامه 390 (13)
• پ 2-2- نقش آنزیم پلیمراز اتا Polη در گذر از خطا در هنگام همانندسازی DNA 394 (13)
• پ 2-3- مقایسه اثر مهارکنندگی گیرنده ها توسط دو داروی طراحی شده (UNK4) و اصلی (CNP) در طول زمان 70 نانوثانیه از شبیه سازی دینامیک مولکولی 397 (13)
• فهرست جدول‌ها (14)
• فهرست تصویرها (16)
• فهرست نمودارها (24)
• فهرست معادلات (28)
• فهرست شماها (33)
• فصل1 طراحی منطقی دارو (34)
  • 1-مقدمه: (35)
  • 2-1- انتخاب هدف دارویی (36)
    • 1-2-1- هدف های دارویی (36)
  • پس از شناسایی محدوده درمانی ، مرحله بعدی شناسایی یک هدف دارویی مناسب یا به عبارتی گیرنده دارویی مناسب (مانند: آنزیم یا اسید نوکلئیک) است. درک اینکه درشت مولکول‌های زیستی که در یک بیماری خاص درگیر هستند، به وضوح مهم است. این موضوع به تیم تحقیقاتی داروی... (36)
    • 1-2-2- شناسایی دقیق گیرنده داروها (37)
    • 1-2-3- عملکرد انتخابی دارو در برابر آنزیم های مشترک بین انسان و سایر گونه ها مانند میکروارگانیسم ها (38)
    • 1-2-4- گزینش پذیری داروی طراحی شده برای مهار یک گیرنده خاص در بدن انسان (39)
    • 1-2-5- مورد هدف قرار دادن آنزیم خاص در یک بافت خاص (39)
    • 1- 2- 6 – ضرورت طراحی چند دارو برای یک بیماری (40)
  • 1-3- مروری بر شروع استفاده از رایانه ها در بررسی ساختارهای شیمیایی با استفاده از نظریه گراف (41)
    • 1-3-1- نمایش ساختارهای مولکولی و پردازش آنها توسط رایانه ها ( زبان ماشین ها) (42)
    • 1-3-2- شباهت بین لیگاندهای طراحی شده و لیگاند مرجع (45)
    • 1-3-2- 1- شباهت در ویژگی های فیزیکی بین لیگاند طراحی شده و داروهای موجود (45)
    • 1-3-2-2- جذب لیگاند توسط گیرنده (46)
    • 1-3- 2- 3- شباهت در میزان حلالیت داروی اصلی و داروی طراحی شده جدید (48)
• فصل1 نقش دینامیک مولکولی و روش های مرتبط در کشف طراحی دارو (51)
  • 1-4- مقدمه دینامیک مولکولی: (52)
  • 1-4-2- دینامیک مولکولی با پتانسیل (54)
  • 4-1- 4- معرفی شعاع قطع و اهمیت استفاده از آن (64)
  • 1- 5- علت و ضرورت وجود میدان نیرو در شبیه سازی های دینامیک مولکولی (66)
  • 6-1- برهم‌کنش های غیر پیوندی (67)
    • 1-6-1- روش های محاسباتی برای محاسبه سهم های مختلف انرژی پتانسیل (67)
    • 1-6-2- جمله های لنارد جونز (68)
    • 1- 6- 3- پتانسیل باکینگهام (70)
    • 1- 6- 4- برهم‌کنش های کولمبی (72)
    • 1- 6- 5- برهم‌کنش کولمب در حضور میدان خارجی (73)
    • 1- 6- 6- علل اصلاح معدلات پتانسیل بر هم کنش های غیر پیوندی چیست؟ (73)
    • 1- 6- 7- برهم‌کنش های کوتاه برد اصلاح شده با روش اوالد (74)
  • 1- 7- برهم‌کنش های پیوندی (74)
    • 1- 7- 1- کشش پیوندی (75)
    • 1- 7- 3- پتانسیل مربوط به تغییرات زوایای بین صفحه ای (77)
    • 1- 7- 4- چرخش های نا متعارف (79)
  • 8-1- محدودیت ها (80)
    • 1- 8- 1- محدودیت های مکانی (80)
    • 1- 8- 2- محدودیت های زاویه ای (81)
    • 1- 8- 3- محدودیت های تغییر زوایای بین صفحه ای (81)
    • 1- 8- 4- محدودیت های فاصله (82)
  • 1- 9- میانگین زمانی (83)
  • 1- 10- کوپل های به کار رفته در شبیه سازی های دینامیک مولکولی (84)
    • 1- 10- 1- کوپل دما (84)
    • 1- 10- 1-1- جفت گرمایی برندسن (85)
    • 1- 10- 1- 2- جفت گرمایی نوزهوور (86)
    • 1- 10- 1- 3- جفت گرمایی برای یک گروه خاص (88)
    • 1- 10- 2- کوپل فشار (88)
    • 1- 10- 2- 1- کوپل فشاری برندسن (88)
    • 1- 11- 2- الگوریتم لینک (90)
  • 1- 12- مقدمه مختصر محاسبات مکانیک کوانتومی (90)
• فصل 2 طراحی مایعات یونی مبتنی بر گروه کربوکسیلات حاوی گروه های OH و CF3 تأثیر شبکه های پیوند هیدروژنی درون‌مولکولی و اثر القایی آن‌ها بر انرژی اتصال بین کاتیون و آنیون در مایعات یونی و طراحی داروهای ضد‌سرطان برای مهار آنزیم پلیمراز بر مبنای شبکه های... (105)
  • 2-1- مقدمه مایعات یونی (106)
  • 2-2- بررسی فرایند پژوهش (106)
  • 2-3- تجزیه تحلیل نتایج (108)
    • 3-3-1- تجزیه و تحلیل ساختارهای بهینه شده مایعات یونی طراحی شده بر اساس ساختارهای آنیونی پلی اُلی (108)
    • 2-3-2- بررسی اثرات هویت گروه آلکیل متصل به ساختار ایمیدازولیوم بر انرژی انسجام شبکه های بلوری در مایعات یونی (115)
    • 2-3-3- بررسی اثرات هویت گروه آلکیل متصل به ساختار آنیون‌ها در مایعات یونی بر انرژی انسجام شبکه های بلوری در مایعات یونی (118)
  • 4-3-2- تجزیه و تحلیل هندسی مایعات یونی طراحی شده بر اساس آنیون‌های دارای گروه های پلی فلوئوروآلکیل (122)
    • 2-3-5- تجزیه و تحلیل هندسی ساختار مایعات یونی طراحی شده حاوی هر دو گروه CF3 و OH (127)
    • 2-3-6- اعتبار سنجی روش محاسباتی حاضر6-311++G (d, p)، در پیش بینی موفقیت آمیز خواص مایعات یونی طراحی شده (137)
    • 2-3- 7- نتیجه گیری: (140)
• فصل 2 طراحی مایعات یونی مبتنی بر گروه کربوکسیلات حاوی گروه های OH و CF3 تأثیر شبکه های پیوند هیدروژنی درون‌مولکولی و اثر القایی آن‌ها بر انرژی اتصال بین کاتیون و آنیون در مایعات یونی و طراحی داروهای ضد‌سرطان برای مهار آنزیم پلیمراز بر مبنای شبکه های ... (142)
  • 2- 4- مقدمه: (143)
• همان‌طور که به طور گسترده ای شناخته شده است ، انتقال صحیح کروموزوم ها برای وراثت ارزشمند است ، که با روند تکثیر DNA تسهیل می‌شود. چرخه زندگی سلول‌ها بی عیب و نقص نیست و انواع عوامل محیطی در کنار متابولیت هایی که در طول چرخه زندگی سلول‌ها ایجاد می شون... (143)
• هم چنین انتقال این دارو به داخل سلول از طریق پدیده انتشار در غلظت زیاد نیز گزارش شده است [133]. بسیاری از عوارض جانبی سیتارابین از جمله سرکوب تولید گلبول های قرمز و پلاکت های خون [134] ، واکنش های شوکی آنافیلاکتیک [135] ، تب دارویی [136] ، تشکیل اریتم... (143)
• در این بخش از پژوهش، ما از ساختار با شناسه PDB 6D0Z به عنوان ساختار اولیه خود استفاده کردیم (شکل 2-6) [131]. (144)
• در شکل 2-6 ، مرحله پس از ایجاد اتصال کووالانسی داروی سیتارابین و DNAمشاهده می‌شود ، که در آن DNA پلیمراز η در حال ادامه فرایند همانند‌سازی از آغاز گر سیتارابین متصل به DNA است. همچنین ، در شکل 2-4-1 ، مولکول کوچک نشان داده شده با رنگ صورتی ، نوکلئوتید... (144)
• در بخش پیوست 2-2، توضیحاتی در مورد همانند سازی DNA و دخالت آنزیم پلیمراز η در ادامه همانندسازی DNA و عملکرد این آنزیم در گذر از خطای ناشی از جهش ایجاد شده در اثر پرتو فرابنفش در ساختار DNA و ادامه فرایند همانندسازی، آورده شده است. (144)
  • 5-2- روش و فرایند پژوهش: (148)
  • 6-2-محاسبه ضریب تقسیم مولکول‌های دارویی در حلال های آب و 1-اکتانول: (155)
  • 7-2- جستجوی جایگاه فعال پروتئین و DNAبرای مواد دارویی: (159)
  • 8-2- تجزیه و تحلیل نتایج به‌دست آمده از شبیه سازی دینامیک مولکولی (161)
    • 2-8-1- مقایسه اثر مهارکنندگی گیرنده ها توسط دو داروی طراحی شده (UNK4) و اصلی (CNP) (161)
  • برای بررسی شباهت بین UNK4 و CNP در مهار گیرنده های آن‌ها (مجموعه DNA و DNA پلیمراز (Polη) ، الگوهای تغییر در مقدار جذر میانگین مربع انحرافات جایگاه های اتمی (RMSD) در ساختار پلیمراز η در طول 30 نانوثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی برای این دو داروی طرا... (161)
  • 9-2- انرژی اتصال UNK4 و CNP و گیرنده (DNA و پلیمراز η) با در نظر گرفتن روش مکانیک مولکولی (MM/ PBSA) (175)
  • 2- 10- ارزیابی اعتبار محاسبات نظری ما با توجه به داده های تجربی (177)
  • 2- 11- نتیجه گیری: (180)
• فصل 3 طراحی محاسباتی داروهای ضد سرطان جدید با واحدهای سازنده آمینواسید و کربوهیدرات برای مهار 1-PIM کاینازها (181)
  • 1-3- مقدمه (182)
  • 2-3- روش و مطالعه های محاسباتی (185)
  • 1-2-3- داکینگ مولکولی و بهینه سازی ساختارهای پیشنهادی داروهای ضد سرطان بر اساس ترکیبات طبیعی (185)
  • 3- 2-2- اهمیت بررسی حلالیت داروهای جدید طراحی شده در بافت چربی و آب (192)
  • 3-3- شبیه سازی دینامیک مولکولی (192)
  • 4-3- تجزیه و تحلیل نتایج (193)
    • 3-4-1- مقایسه اثر مهارکنندگی UNK4 با DBC بر 1-PIM کایناز (193)
    • 3- 4- 2- محاسبه MM / PBSA برای کمپلکس گیرنده (1-PIM کایناز) و لیگاندهای UNK4و DBC (201)
  • 5-3- اعتبار سنجی مطالعه های نظری از طریق داده های تجربی گزارش شده (202)
  • 7-3- نتیجه گیری: (210)
• فصل 4 اتخاذ روش‌های شیمی محاسباتی برای طراحی مایعات یونی فعال دارویی جدید، و یافتن ارتباط بین مطالعه های مکانیک کوانتومی و شبیه سازی های دینامیک مولکولی (211)
  • 1-4- مقدمه: (212)
  • 3-4- تجزیه و تحلیل ساختارهای مایعات یونی دارویی مبتنی بر 1-بوتیل-3-متیل ایمیدازولیوم (215)
  • 4-4- تجزیه و تحلیل ساختارهای مایعات یونی دارویی مبتنی بر N- D – (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم] (222)
  • 4- 5- شبیه سازی دینامیک مولکولی مایعات یونی (231)
  • 4- 6- تجزیه و تحلیل نتایج شبیه سازی مایعات یونی دارویی (231)
    • 4- 6-1- نتایج شبیه سازی 1-بوتیل-3- متیل ایمیدازولیوم- 2- (4-ایزوبوتیل فنیل) پروپانوات (231)
    • 4- 6-2- تجزیه و تحلیل شبیه سازی 1- بوتیل -3- متیل ایمیدازولیوم- 2- هیدروکسی بنزوآت (233)
    • 4- 6-3- تجزیه و تحلیل شبیه سازی 1- بوتیل -3- متیل ایمیدازولیوم- 2- (2-فلورو- [1،'1-بیفنیل] -4-ایل) پروپانوات (235)
    • 4- 6-4- تجزیه و تحلیل شبیه سازی 1- بوتیل -3- متیل ایمیدازولیوم- 1-اتیل-7-متیل-4-اوکسو-4،1-دی هیدرو-8،1-نفتیریدین-3-کربوکسیلات (237)
    • 4- 6- 5- بررسی شبیه سازی دینامیک مولکولی ساختار 1- بوتیل -3- متیل- ایمیدازولیوم- 6-متیل 4- اکسو-4 H-3،2،1 – اکساتیازین 3- اید – 2،2- دی اکسید (239)
    • 4- 6-6- نتایج شبیه سازی N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]- 2- (4-ایزوبوتیل فنیل) پروپانوآت (241)
    • 4- 6- 7- نتایج شبیه سازی N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]-2- هیدروکسی بنزوآت (244)
    • 4- 6- 8- نتایج شبیه سازی N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]- 2- (2-فلورو- [1،'1-بیفنیل] -4-ایل) پروپانوآت (247)
    • 4- 6- 9- N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]-1-اتیل-7-متیل-4-اوکسو-4،1-دی هیدرو-8،1-نفتیریدین-3-کربوکسیلات (249)
    • 4- 6- 10- بررسی شبیه سازی دینامیک مولکولی ساختار N-2- D– (گلوکوزوپیرانوزیل)اتیل N-، N، N- [ تری متیل آمونیوم]- 6-متیل 4- اکسو-4 H-3،2،1 – اکساتیازین 3- اید – 2،2- دی اکسید (254)
    • 4- 6- 11- پیدا کردن رابطه ریاضی بین شبیه سازی دینامیک مولکولی و محاسبات مکانیک کوانتومی (260)
  • 7-4- بررسی برهم‌کنش مایعات یونی دارویی شناخته شده و مایعات یونی دارویی طراحی شده با غشای سلولی (267)
  • 4- 8- اعتبار سنجی روش های محاسباتی استفاده شده در این پژوهش (273)
  • 4- 9- نتیجه گیری (276)
• فصل 5 طراحی روش های سنتز و تثبیت لیگاندهای نیتروژنی از جمله پیریدین بر بستر نانو ذرات سیلیکای متخلخل (277)
  • 5- 1- 5- سایر کاربردهای نانو ذرات سیلیکا: (282)
  • 5- 1- 6- بررسی واکنش های مختلف آلی انجام شده با استفاده از(SBA-15) حاوی گروه های عاملی مختلف : (282)
  • 5- 2- سنتزترکیبات حاوی حلقه های پیریدین و کاربرد آن‌ها در شیمی دارویی (283)
  • 5- 3- بیان اهداف پژوهش : (285)
    • 5- 3- 1- سنتز لیگاندهای جدید نیتروژن دار و نشاندن آن‌ها بر روی سطح سیلیکای متخلخل به منظور سنتز نانو کاتالیزگرها : (285)
    • 5- 3- 2-تهیه نمونه ای از نانو کاتالیزگر بر پایه سیلیکای متخلخل (285)
    • 5- 3- 3- بررسی های جذب اتمی Cu@ Fe3O4@SBA15 (286)
    • 5- 3- 4-دستگاه ها وموادشیمیایی مورد استفاده : (287)
    • 5- 3- 5- روش آزمایش ( سنتز بنزوکسازول ها) (287)
  • 5- 4- تثبیت لیگاند نیتروژن دار بر سطح SBA-15 (292)
    • 5- 4- 1- سنتز SBA-15@APTES (292)
    • 5- 4- 2- خشک کردن تولوئن (292)
    • 5- 4- 3- تثبیت لیگاند نیتروژنی بر سطح SBA-15@APTES (292)
    • 8- 4- 5- نشاندن Pd بر سطح کاتالیزگر مرحله قبل که با گروه پیریدین عامل دار شده است (293)
    • ابتدا 0.05 گرم PdCl2 را همراه با 0.2 گرم KCl در 2 میلی لیتر تا 3 میلی لیتر آب حل می کنیم. و به این ترتیب محلول سیرشده K2PdCl4 به‌دست می‌آید،در این بخش برای اینکه Pd روی سطح کاتالیزگر تثبیت شود باید به صورت اضافه در محیط واکنش به کار برده شود پس از سنت... (293)
    • 5- 4- 6- بررسی شرایط بهینه واکنش جفت شدن هیدرازین و بنزونیتریل در حضور کاتالیزگر Pd@ SBA15@APTES@Py (294)
    • 5- 4- 7- مشتق های مختلف ساختار بنزوفنون (295)
    • 5- 4- 8- 1- ساز وکار پیشنهادی برای واکنش تشکیل مشتق های ساختار بنزوفنون (297)
    • 5-4-1- 2 - بررسی های جذب اتمی (299)
    • 5- 4- 9- بازیابی کاتالیزگر در محیط واکنش (299)
    • 5-6- سنتز کاتالیزگر Cu@SBA-15@APTES@Py (302)
    • 5- 7- بررسی جذب اتمی Cu@SBA-15@APTES@Py (302)
    • 5- 8- بررسی عملکرد کاتالیزگر Cu@SBA-15@APTES@Py در سنتز ترکیبات 1, 2, 4-تری آزولو [1, 5- a ] پیریدین (302)
    • 5- 9- محاسبات مربوط به TGA : (306)
    • 5- 10- بررسی های FT-IR (307)
    • 5- 11- نتیجه گیری (308)
• منابع یا مراجع (376)
• پیوست1 بررسی میدآن‌های نیروی استفاده شده در شبیه سازی های دینامیک مولکولی با استفاده از روش شبیه سازی چتری (393)
  • پ- 1- مقدمه: (394)
    • پ-1-1- معرفی مختصر پادتن ها و نانوبادی ها (394)
    • پ-1-1- 2-1- منشأ نانوبادی ها: (396)
    • پ-1-1- 3-1- کاربردهای درمانی نانو بادی ها: (397)
  • پ - 1- 2-اهداف پژوهش حاضر (399)
  • پ-1- 3- روش های محاسباتی بهبود یافته برای محاسبات انرژی (400)
    • پ-1- 3- 1- متغیرهای جمعی (400)
    • پ-1- 3- 2- توضیح مختصر نظریه روش نمونه گیری چتری (405)
  • پ-1-4 روش های محاسباتی (406)
    • پ-1-4-1- مراحل پژوهش به صورت مجزا: (406)
    • 1- مطالعه بر روی بیماری های مختلف سرطانی و سایر بیماری ها و مطالعه بر روی داروهای فعلی که برای درمان مورد استفاده می شوند، برای مثال اختلال ژنتیکی فیبروز کیستیک که باعث حذف فنیل آلانین 508 در بخش اتصال به نوکلئوتید در کانال های پروتئینی در غشاهای س... (406)
    • 2- مطالعه بر روی نانوبادی های مؤثر بر بخش اتصال به نوکلئوتید در کانال های پروتئینی در غشاهای سلولی (گروه گیرنده). (406)
    • 3- به‌دست آوردن داده های تجربی مربوط به انرژی آزاد اتصال نانوبادی و گیرنده (در این مطالعه ها، این فرض در نظر گرفته می‌شود که هر چقدر انرژی آزاد اتصال نانوبادی و گروه گیرنده آن منفی تر باشد؛ آن نانوبادی در مهار گیرنده مؤثرتر عمل کرده است). (406)
    • 4- استفاده از روش های محاسباتی مانند دینامیک مولکولی به منظور به‌دست آوردن انرژی اتصال نانوبادی و گیرنده (406)
    • 5- مقایسه داده های تجربی و داده محاسباتی و در نهایت اعتبار سنجی روش محاسباتی ( در صورت امکان یک منحنی کالیبراسیون که بتوان از طریق داده های محاسباتی، داده های تجربی را پیش بینی کرد در این مرحله رسم می‌شود). (406)
    • 6- طراحی نانوبادی های جدید بر مبنای آمینواسید و کربوهیدرات ها و بررسی برهم‌کنش این نانوبادی ها با پروتئین گیرنده و مقایسه این نانوبادی های جدید با نانوبادی های قدیمی (406)
    • پ-1-4-2- روش نمونه گیری چتری (406)
    • پ-1- 5- 2- محاسبه انرژی برهم‌کنش پروتئین کانالی و لیگاند آن از طریق MM / PBSA (413)
    • پ-1- 5- 3- نتایج شبیه سازی چتری برای پروتئین کانالی و لیگاند (415)
  • پ 1-5-4 ) توضیحات روش replica exchange و مقایسه این روش با روش شبیه سازی چتری (417)
  • پ 1-5-5 ) توضیحات اینکه چرا در اکثر شبیه سازی های انجام شده از میدان های نیرو موسوم به گروموس استفاده شده است. (424)
  • پ 1-5-6 ) دلیل استفاده از روش MMPBSA در بسیاری از بخش های مطالعاتی در این پایان نامه (424)
• پیوست2 بررسی برخی از مفاهیم مقدماتی سازوکارهای برهم کنش‌های شیمیایی در پایان نامه (427)
  • پ 2-2- نقش آنزیم پلیمراز اتا Polη در گذر از خطا در هنگام همانندسازی DNA (431)
  • پ 2-3- مقایسه اثر مهارکنندگی گیرنده ها توسط دو داروی طراحی شده (UNK4) و اصلی (CNP) در طول زمان 70 نانوثانیه از شبیه سازی دینامیک مولکولی (434)