Loading...

Inferring Relation between World and Iranian Populations from Microarray Data

Saberi, Sasan | 2022

154 Viewed
  1. Type of Document: M.Sc. Thesis
  2. Language: Farsi
  3. Document No: 55781 (19)
  4. University: Sharif University of Technology
  5. Department: Computer Enginnering
  6. Advisor(s): Hossein Khalaj, Babak; Motahhari, Abolfazl
  7. Abstract:
  8. One of the branches of genetic studies is population genetics. Each population has its own characteristics due to its evolutionary history, cultural characteristics and geography, which distinguish it from other populations. Scientific and technological advances in recent decades have led to the production of new generation sequencing machines and the creation of large genetic data. These data contain important genetic information and answers to many questions about the origin of humans, the history of populations and their evolutionary process. More and better understanding of the human genome and the distance between populations can help to better understand biological mechanisms and deal with diseases and reduce the cost of investigating the effects of drugs in diseases. This research, having 600,000 locations and using other published global data from different populations of the world and using the latest available algorithms and methods, examines the relationship between the population structure of Iranians and other populations living in the vast geography of the globe, and find the populations with the most genetic similarity to the Iranian population
  9. Keywords:
  10. Population Genetics ; Microarray ; Demography ; Ancestral Tree ; Genome Sequencing

 Digital Object List

 Bookmark

  • مقدمه
    • تعریف مسأله
    • اهمیت و کاربرد
    • ادبیات تحقیق
    • ساختار پایان نامه
  • تعاریف اولیه
    • توالی‌یابی نسل جدید
      • آماده‌سازی کتابخانه
      • ‌خوشه‌سازی
      • توالی‌یابی
      • هم‌ترازی و تحلیل داده
    • هپلوتایپ
    • مدل لی-استفن
    • هپلوگروه یا ‌تک‌گروه
    • نئاندرتال‌ها
  • مروری بر روش‌های موجود
    • روش‌های کاهش ابعاد
    • فاصله‌ی ژنتیکی
    • معرفی TREEMIX
    • روش‌های مبنی بر مدلهای تخمین تبار
      • معرفی STRUCTURE
      • معرفی ADMIXTURE
    • رانش‌های هوموزایگوسیتی
    • هپلوتایپ‌های با تبار یکسان
    • نقاشی کروموزومی و finStructure
    • میتوکندری
      • درخت جهانی
      • ابزارها و روش‌ها
    • کروموزوم Y
      • درخت فیلوژنی و هپلوگروه‌های کروموزوم Y
      • نام گذاری
      • روش‌های تشخیص
    • مطالعات پیشین در جمعیت ایرانی
  • دادگان استفاده شده
    • پروژه‌ی هزارژنوم
    • پروژه‌ی تنوع ژنوم انسانی (HGDP)
    • پروژه‌ی تنوع ژنوم انسانی بنیاد پژوهشی استونی (EGDP)
    • پژوهش تاریخ ژنتیکی خاورمیانه
    • دادگان ایرانی
    • آماده‌سازی دادگان
  • نتایج بدست آمده
    • کاهش ابعاد
    • فاصله‌ی ژنتیکی
    • نتایج ADMIXTURE
      • دادگان جهانی
      • جمعیت‌های اوراسیا
      • بررسی ساختار درون جمعیت ایرانی با ADMIXTURE
    • نتایج TREEMIX
    • نتایج FineStructure
    • تقسیم‌بندی درون جمعیتی
    • رانش‌های هوموزایگوسیتی
    • کروموزوم Y
      • موقعیت‌های ناموجود در درخت جهانی Y
    • میتوکندری
    • بررسی هپلوگروه‌های میتوکندری و کروموزوم Y در جمعیت ایرانی
    • نئاندرتال
    • نتیجه‌گیری و کارهای آتی
...see more