• مقدمه (13)
  • بیان صورت مسئله (14)
  • کاربردها (14)
  • چالش‌ها (16)
  • اهداف پژوهش (17)
  • ساختار فصل‌ها (18)
• مفاهیم پایه (19)
  • مقدمه (19)
  • مفاهیم زیستی و ژنتیکی (19)
    • دنا و کروموزوم (19)
    • باور مرکزی زیست‌شناسی مولکولی (21)
    • تک نوکلئوتاید چندریخت (21)
    • ویژگی‌های پیچیده و مطالعات ارتباطات (23)
    • عدم‌تعادل در همبستگی‌ژنتیکی (24)
  • مفاهیم ریاضیاتی و آماری (25)
    • آزمون فرضیه (26)
    • آزمون چندگانه (28)
    • نرخ خطای Family-Wise (28)
    • روش تصحیح Bonferroni (29)
    • نرخ یافته‌ی اشتباه (29)
    • روش Benjamini-Hochberg (30)
    • زنجیره‌ی مارکوف (30)
    • مدل مارکوف پنهان (31)
    • استقلال شرطی (32)
  • جمع‌بندی (33)
• پژوهش‌های پیشین (34)
  • مقدمه (34)
  • روش Knockoff Filter (34)
  • روش Model-X Knockoffs (38)
  • ساخت Knockoff برای مدل مارکوف پنهان (40)
    • متغیر‌های Knockoff برای زنجیره‌ی مارکوف (41)
    • متغیر‌های Knockoff برای مدل مارکوف پنهان (42)
    • مدل‌سازی داده‌های ژنوتایپ با مدل‌ مارکوف پنهان (42)
  • روش Knockoff Filter در چند سطح (43)
  • استفاده از روش‌های مطرح شده برای GWAS (47)
  • بهبود‌های ارائه شده برای روش‌ Knockoff (50)
  • جمع‌بندی (52)
• روش پیشنهادی (53)
  • مقدمه (53)
  • بیان رسمی مسئله (54)
  • بررسی روش‌های پایه (54)
    • روش KnockoffZoom (55)
    • روش ‌یکسان‌ ساز یافته‌های چارچوب knockoff (57)
  • فرایند پیشنهادی برای یکسان سازی نتایج روش KnockoffZoom (58)
  • جمع‌بندی (62)
• آزمایش‌ها (63)
  • مقدمه (63)
  • داده‌‌های ساختگی (63)
    • ژنوتایپ ساختگی (64)
    • فنوتایپ ساختگی (64)
  • معیار ارزیابی (65)
  • نتایج آزمایش‌ها (65)
  • جمع‌بندی (72)
• جمع‌بندی و کارهای آتی (73)
  • جمع‌بندی (73)
  • کارهای آتی (74)
    • کاهش زمان اجرای روش پیشنهادی (74)
    • افزایش قدرت آماری روش پیشنهادی (74)
• مراجع (75)
• واژه‌نامه (80)
• فهرست اختصارات (84)