• نانو قفس‌های پروتئینی (16)
  • در دنیای نانوتکنولوژی به چه ساختارهایی نانوقفس‌های پروتئینی گفته می‌شود؟ (16)
  • چگونه می‌توان این ساختارهای بیولوژیکی نانو مقیاس را برای ورود به محیطهای بیولوژیکی آماده کرد؟ (19)
  • توضیح مسأله و اهمیت پرداختن به موضوع (21)
• غشاهای لیپیدی؛ زیست-نانو مواد دوبعدی با خواص حیرت‌انگیز (25)
  • خودساختارپذیری (Self-assembly) (25)
    • لیپیدها (25)
    • ریخت‌شناسی لیپیدهای انبوهه (27)
  • خاصیت کشسانی غشا (29)
    • کشش (stretching) و برش (Shearing) (29)
    • خمش (31)
  • انحنا (34)
  • مکانیسم‌های ایجاد انحنا در غشا (38)
    • مکانسیم داربست (Scaffolding) (38)
    • وارد شدن پروتئین‌های غشایی نامتقارن به غشا (39)
    • وارد شدن دم دوخصلتی (Aphiphilic) به غشا (41)
    • مکانیسم‌های ناشی از رفتار جمعی و همکارانه پروتئین‌/لیپیدها (43)
  • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (55)
• دینامیک مولکولی و روش‌های محاسباتی (57)
  • درشت دانه سازی (58)
  • درشت دانه‌سازی به روش Residue based Coarse graining (60)
  • درشت دانه‌سازی به روش SBCG (62)
    • پارامترهای میدان نیرو در سبک SBCG (63)
  • روش‌های شبیه سازی (65)
    • شبیه‌سازی تمام اتم (68)
    • شبیه‌سازی درشت دانه RBCG (73)
    • شبیه‌سازی درشت دانه SBCG (74)
  • محاسبه انرژی آزاد (PMF)؛ نگاهی کاربردی به تساوی جارزینسکی (80)
• بررسی مکانیسم‌های مؤثر در برهمکنش مابین نانوقفس‌های پروتئینی و غشاهای لیپیدی (87)
  • مقیاس اتمی (88)
    • بررسی دینامیک مدل‌های ساخته شده (92)
    • بررسی مکانیسم القای انحنا به غشا (96)
    • بررسی القای انحنا به غشا به لحاظ برهمکنش و انرژتیک (102)
  • بررسی رفتار همکارانه نانوقفس‌ها (107)
  • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (112)
• بررسی تأثیر جهش D494S بر روی تحدید غشا و بیماری‌زایی سارس کرونا ویروس2 (113)
  • مقدمه (113)
  • بحث و نتیجه‌گیری (115)
    • میل ترکیبی -RBDگلیکوزیله برای اتصال به ACEII (120)
  • جمع‌بندی و نتیجه‌گیری (125)
• کارهای آتی و پیشنهادات (126)
• مراجع (128)